按清朝的报告，李自成兵尽力尽，最后仅带亲信20人，窜入九宫山中，被村民围困，无法脱逃，自尽而死。当时追击李自成的清朝靖远大将军阿济格派人前去验尸，而尸体已经腐烂，无法辨认了。
但是，这个“遇难”说却难以令人相信。因为李自成十分骁勇，一直是官府的死敌。想围攻死他尚不容易，何况令他自杀？而阿济格报告中说是“尸朽莫辨”，纯属是一句托词，只是为了给清王朝打一剂定心丸。
李自成退居湖湘时，他的手下还有40余万兵马，驻九宫山一带至少也有数万人，说他仅带20名亲信，与事实明显不符。况且，如果李自成真的被杀，他的几十万大军岂能善罢甘休?九宫山能平静吗?然而，事实上，当时九宫山很平静，那几十万大军也很平静。因而，从反面证明，李自成未死！这种平静只是他的一种掩护，是他的命令。
据推测，放出李自成自杀的消息，是李自成与其部下搞的一个缓兵之计。一方面，扬言李自成已死，可以打消南明王朝对这支大军的敌意，下一步可能联合抗清；另一方面，使清王朝以为，心腹之患已除，放松警惕，一旦时机成熟，李自成可东山再起。
但是，隐藏起来的李自成没有想到清王朝在短短时间之内就统一了中国，如此强大的兵力使他震惊，同时，隐居生活也使他渐渐脱离了血腥的沙场，认识到了平静和平和，也许是他再也没有起兵的原因。因为，有分析认为，他隐居时是去当了方丈，潜心于佛学。
据说，清朝初年，即将上任的云南同知张琼伯在赴任途中，游访石门夹山寺，与寺中方丈谈古论今，颇为投缘，相见恨晚，视为知己。几年后，他又重访夹山寺，却得知方丈已死。悼念之中，方丈的徒弟告诉他:那方丈就是威震天下的闯王李自成。在九宫山替死的是他的部将孙某。
清末以来，一些寻访李自成遗迹者，在石门等地发现的诗词、断碑、出土文物上，也找到了这位方丈的一些诗句，如:“金鞍玉镫马如龙。”
“子门徒已数千指中兴。”
“况值戎马星落雨旧天。”
全然不是和尚心境与口气，倒很像是戎马出身的帝王的口气。
但是这只是他去向的一个说法，李自成和他大军之谜，已成千古悬疑。
