1659年，郑成功决定和张煌言一起带领大军北上抗清，史称南京之战，这其中最关键也是最有名的一场战役当属南京观音山之战，因为观音山之战郑成功军队被清军重创，不得不放弃当时已经被郑军占领的镇江和瓜洲等地。
顺治十六年，郑成功等人在到达浙江定海之后和清军进行了两天的战斗，最终拿下了定海，使得郑军在北伐战争中解决了后顾之忧，如此一看郑军似乎已经要迎来了胜利的曙光，但是没想到在观音山一战之后，郑军前面的努力化为乌有，一切付诸东流。
顺治十六年七月初七，郑军主力来到了江宁并驻扎在仪凤门外，之后大军又纷纷驻扎在周围共八十三座营寨，此次郑军准备得十分充足，不仅带着大炮，就连云梯、藤牌等攻城武器都一一具备，但是郑军在驻扎了十余天也没有任何要进攻的迹象。
现在这种情况对当时的清廷来说，要依仗的主要还是江南和浙江两地的军队，从京城派人南下支援，明显不是最有效的办法。不过顺治还是让安南将军达素、固山额真索洪、护军统领赖塔等人前去支援。
而被围困的清军则是十分紧张，一是因为城内物资不知道能不能坚持到援军到来，而是守军害怕城内有和郑成功里应外合的奸细。于是两江总督郎廷佐让士兵把靠近城墙的房子全部烧毁，一是断绝了百姓和敌军联系的可能，二是尽量扫清视野。之后又把百姓全部迁到内城，张贴告示安抚人心。
在围困清军之后，郑成功主要想的还是清军能主动投降，免去双方战争的麻烦，但是他却没想到城内的清军反应之快，城外的援军也支援迅速，如此以来，郑军在攻城的时候便十分困难，久攻不下士气便开始低落。
甚至郑成功让杨英去巡视部队的时候还看到前锋余新的部下私自跑到江边捕鱼，于是郑成功就把余新给骂了一顿，说你们如此之轻敌，我们还如何成功！就在郑成功忧心的时候，清军已经开始了反攻。
先是清军梁化凤率领部队从仪凤门出发，管效忠从钟阜门出门对郑军发起突袭，驻守到当地的余新等人半梦半醒之间只能仓皇迎敌，结果可想而知，很快就被清军俘虏了，到此余新的前锋镇全军覆没。而中冲镇被清军重创，镇将肖拱辰逃走。
郑成功大惊，赶紧和甘辉等人商议马上转移主力到观音山一带再做打算。根据郑军情报，清军在击败余新部队之后就驻扎在城外了。但是实际上清军已经回城，并没有驻扎，如此严重错误的情报就会导致郑成功在军事部署上的重大错误。
当时如果清军要攻打驻扎在观音山上的郑军，就有两条路可以选择，一是仪凤门、钟阜门由城北经江岸进行，二是从是出金川门、神策门进发。根据当时的情报，余新部队是驻扎在城北的，于是清军也就驻扎在城北，于是就会从仪凤门、钟阜门由城北经江岸进攻，于是明军的重点防御就放在北岸。
清军在郑成功上观音上之后就掌握了他们在山顶的杨祖部队，“讵贼非遁，而屯兵于山顶，布阵列队，施放枪炮，气势凶猛。”
而山顶的郑军就是他们的攻击目标。
郎廷佐同昂邦章京喀喀木、梅勒章京噶褚哈、马尔赛等人一致认同将战线拉成水陆两条来夹击郑军，水路由江宁巡抚蒋国柱、提督管效忠、协领扎尔布、费雅柱、副将冯武卿等率领，陆路由昂邦章京喀喀木、梅勒章京噶褚哈、马尔赛、阿都赖、赵士章等率领八旗兵和姜腾蛟等人的绿营兵出金川门、总兵梁化凤率领绿营兵从神策门出发。不过他们的重点还是在陆地进攻上，水路主要还是为了切断明军的后退之路，并不是重点。
当时清军从金川、神策出发登上观音山后山，但是当时的郑军毫无察觉，反而是梁化凤发现了驻守在观音门的郑军，于是让游击领兵前去堵截，不过这只小部队却被郑军所打败。
这边清军大部队肯定是继续往山顶前进的，突出起来的敌军直接把郑军给吓蒙了，他们完全没有想到清军会出现在这里，于是拼死抵抗，双方战争十分激烈，一直到午时时刻带着的物资消耗无几，但是郑军无法借助这个优势反击，因为他们已经被清军击败，四处溃逃。
如此一来，本来占领观音山优势的郑军反而被清军占领了山顶，局势瞬间发生了变化，清军从山顶俯冲郑军，埋伏在山谷内的甘辉、张英部被清军包围。久久突围不出，最后张英战死、甘辉被苏松提督马进宝标下守备王永祯俘虏。其中郑军最精锐的左武卫林胜、左虎卫陈魁也在战争中阵亡。
“左武卫、左虎卫在山下整搠死敌，但大势已溃，独力难支......”
于是郑军只能在突破了清军水路拦截的情况下仓皇逃走，观音山之战落幕。
