郑芝龙降清后，郑成功并没有跟着老爹北上，而是坚持抗清，于是跟老爹分道扬镳，当时跟着他的只有300多人，一条船都有不起。
最初的两年，他曾出兵攻打过泉州、海澄、同安。但在强大清军的阻击下，一再败却。永历三年（1649年）之后，他辗转粤东揭阳一带活动，先后攻破潮州外围南洋、霞美等寨以及潮阳、揭阳、惠来三个县城。之后进攻潮州没有得逞，回师厦门，用计杀掉了族兄郑联，夺了他的兵马，又招揽了郑彩余部，兵力至此扩充到4万多人。
永历五年（1651年），迫其叔父郑鸿逵交出所有水师，同时吸纳了浙海海上武装张名振、周崔芝、阮骏、黄大振诸部，兵力扩充到6万人。
至此，郑成功以金门、厦门为根据地，收拢了周边的海上力量，初步完成了郑芝龙旧部的统一。
永历五年（1651年）三月，郑成功出师南下粤海，老巢厦门被清军乘虚攻破，库藏尽失，军心动摇，不得已班师回救。经过这一次教训之后，他深深感受到倾巢而出远征有问题，改为了以金夏为根据地、恢复漳泉为基业的稳扎稳打战略方针。
郑成功
这个方针无疑是相对正确的，之后，郑成功与清军大小十数战，永历六年（1652年）三月江东桥之役，大败清浙闽总督陈锦，陈锦本人也被家丁所杀，同年4到10月，围困漳州，城内军民饿死过半，甚至发生了吃人肉的情况。
从永历七年（1653年）开始，郑成功只用一年的时间，基本占领了闽南沿海地区，军事发展急剧扩张，兵力规模扩展到二三十万人。
永乐八年（1654年），郑成功遥奉永历为正朔，改厦门中左所为思明州，开府建制，同时走上了垄断海上贸易的道路。
这应该是郑成功没有登台之前实力最为强大的时期，思明府成为了东南抗清中心，一定程度上也是大陆对外贸易的海贸中心。虽然其地盘连半个省都没有，却能依靠源源不断的海贸巨额利润，养着接近30万的军队。须知，养30万军队，至少也要几个省的财力才能够办到！
永历十一年（1657年）以后，西南抗清形势每况愈下，如果清军灭掉南明朝廷后，必然会天下之兵攻两岛，因此，郑成功决策大举北上，以求扭转抗清战争的颓势。
郑成功北伐示意图
北征从永历十一年（1657年）开始准备，到第二年五月发动了北伐，郑成功亲率水陆精锐10万，配船200艘北上，一时间声势浩大，这是他起兵以来规模最大的一次军事行动。
永历十三年（1659年）五月，进入长江、6月16日，在瓜州大败清军，23日，进克镇江，7月，围南京，大江南北四府、三州、二十四县闻风纳款，东南大震。
然而到了23日，清军乘虚出击，郑军大败，精锐损失近半，大将甘辉、万礼、张英皆阵亡。郑成功退至镇江，休息三天后看到抗清前途无望，决定全师南返，另作别图。
到了永历十四年（1660年）五月，在厦门击退达素率领的三省大军后，大陆上已无郑成功立足之地，于是集中全力收复台湾，永历十五年（1661年）收复全台，次年便病逝，享年38岁。
郑成功之所以能够从几百人发展到三十几万人的规模，原因有这么几个：
郑成功
其一、东南沿海本来就存在很多海上武装，没跟着郑芝龙投靠清军的郑家海上力量依然存在，处于一个分散而做海盗的局面，郑家在闽海依然拥有极大的实力和号召力。有能力有手腕的郑成功作为郑芝龙嫡子，自然能够整合了郑氏海上力量，并一步步恢复之前海贼王郑芝龙打下的海上霸业。
其二、抗清初期，清军主要目标并不是没打出任何旗号的郑成功，他虽然也抗清，但没立旗号，没尊哪个朝廷，跟海贼一样偷偷发展，在清廷眼中，只是疥癞之患。在前面那几年里，正是永历朝廷活跃的时候，李定国两厥名王的顺治九年（1652年），郑成功也没改变策略，从东南响应，从此就可知他其实有保存实力的心思。
其三、清军对于海面上的敌人并没有什么好的办法，没有身经百战的水师，即便一举攻破金厦，也伤不了郑成功的根基，他完全可以遁走海上，然而再伺机而回，清军不可能把主力都放在一个地方。
其四、巨额利润的海上贸易是郑成功能够在没啥地盘，短时间内积聚起大军的根本原因。郑家本来就长期垄断着对日贸易，凡是过闽日航线上的船只都要给他们家交保护费，而自己家又长期做海贸，郑成功接过这一桩生意其实没有什么难度。
