在清朝以前，也就是元明之间，日本相对处于一个比较混乱的局面，各地大名实力强大。北条时宗之后的日本时代，无论是南北朝时期，还是室町时代，乃至后来的战国时代，从元朝两次征日无功而返后，日本接近400多年的时间里，都没有一个能够约束地方大名的强有力中央政府，叛乱、造反频仍。
在这种混乱局面之下日本社会矛盾加剧，人民生活贫困，被消灭的大名家的流浪武士、平民们只能出海讨生活，同时还要加上九州、濑户内海沿岸的渔民以及土豪，最初这些人只是劫掠中国沿海地区，到后来发展到与内地中国人勾结进行走私或者倭寇贸易。
然而这种情形随着日本战国时代的结束，德川幕府成立，江户时代的来临，逐渐消失。从16世纪中叶开始，随着葡萄牙、西班牙人东来，天主教开始传入日本，而天主教的传播对日本的统治造成了威胁。早在丰臣秀吉时，日本就开始实行“锁国令”，严禁也学以外的其他船只驶向国外，严禁日本人到外国，违者处死。
到了江户时代，德川幕府为了加强中央集权，避免实力大名们通过海外贸易经营来累积对抗幕府的财富，也为了驱逐天主教，避免来自国外势力的对统治造成的威胁，进一步强化了“锁国令”。
黑船事件
德川幕府一系列的对外政策，很好地控制住了沿海走私贸易，使得大名无法通过海贸累积大量财富对抗中央，当然这种“锁国”政策之下，所带来的贸易冲击也是巨大的。但好的地方在于，德川幕府得以实现长久的统治，日本自此到“黑船事件”时都没有爆发过大的动乱。
虽然日本国内社会矛盾依然严重，但随着战乱的减少，以及强力执行的“锁国”政策，日本浪人们再也组织不起来对中国沿海的侵袭。
同时，此时的大海之上，已经没有了日本倭寇的机会，随着台湾郑氏家族的覆灭，东南沿海的贸易早已经进入了新时期，实力强大的欧洲各国纷纷参与到这条贸易航线中来，再也不是明朝时那种没有什么国家势力参与的海贸时代了，划着小舢板下海的日本倭寇在大海上弱小得很，根本无力渡到海对面了。
清朝方面，为了对付沿海的敌人（前期主要是郑氏家族，中后期主要是西夷），从顺治元年（1644年）开始一直持续到康熙二十二年（1683年），清廷对东南沿海各省人民发布了内迁30到50里的诏令，严禁商民船只私自下海贸易，犯禁者不论官民，一律处决。
清廷的高压政策早已经把东南的士绅海商们吓得服服帖帖，再也不敢搞走私贸易了，而丧失了中国商人和海盗们财力支持和带路，即便想要铤而走险的日本浪人们连大海都过不来，何谈侵袭沿海？
世界局势的突然变化，西方势力的强势入侵，一衣带水的东亚几个国家同时开启了“锁国”政策，他们拱手将大海让给了欧洲人的同时，自身之间在海面上的利益也就丧失殆尽，缺乏利益支撑的下层海盗，无论是日本的，还是中国的，都对入侵内陆心有余而力不足。
毕竟到了17世纪以后，东南沿海的海盗们再也形成不了诸如汪直、颜思齐、刘香、郑芝龙那样动辄间聚拢上百条船而又亦商亦盗的大“海贼王”了。欧洲人的巨炮快船，使得海面上再也没有能够聚集起来肆虐的亚洲海盗们的生存空间了。
时代变了，自然倭寇们也就没有了生存的空间。
