东林党是纷乱的晚明政局中一股重要的政治势力，几乎参与了从万历初期到明朝灭亡的所有重大政治事件，但关于东林党的评价一直纷乱不一。时人曾评价：“今天下之言东林者，以其党祸与国运终始，小人既资为口实，以为亡国由于东林，称之为两党。即有知之者，亦言东林非不为君子，然不无过激，且依附者之不纯为君子也，终是东汉党锢中人物。”从历史事实上来看，此评价不可谓不客观。在天启朝，于东林党和阉党的斗争中，甚至无意中形成过一些“合谋”，最典型的就是冤杀熊廷弼事件。
熊廷弼是湖北江夏（今武昌县）人，自幼家境贫寒，但志向高远，兼耕兼读少年成才。万历二十四年（1596）参加乡试夺魁，次年即金榜题名。清人的《柳南随笔》中认为熊廷弼是先中了武举人，但遭人蔑视，遂弃武从文连中三元（即乡试、会试、殿试三次考试第一名），因此有“三元天下有，两解世间无”之誉。此说虽为孤证，但熊廷弼身长七尺，能骑善射，文武双全确是事实。
熊廷弼塑像
他中进士后授保定府司理，任上秋毫明断，纠正冤假错案上百起，因而成名，被提拔为工部主事。熊廷弼性情刚直，有救国之志，结合其科举正途的出身，本应属于东林党的天然同路人。而且当时东林势力日渐强大，“朝士慕其风者，多遥相呼应”，自认为正直的士大夫多自动将自己归属东林阵营。但熊廷弼已清醒地认识到，东林党除了占据大义的名分之外，在党争中的行为方式和被其斥为“邪党”的一方并无二致，因而不愿趋附东林，还以诗明志，表达自己有心国事，无意党争的心气，同时不以阵营预设立场，积极结交齐、宣、昆党中志同道合的有志之士，因此引起东林忌恨。而且熊廷弼是楚人，就自动被东林划归楚党，列为斗争和打击对象。东林党将所有不肯依附的人划为邪党的做派，与后来的阉党将所有反对者“率指为东林”没有什么区别。熊廷弼不久就遭东林党攻讦罢官，双方就此结下难解的矛盾。
后宣、昆两党得势，熊廷弼又被重新启用，更坐实了东林党视他为楚党的刻板印象，双方积怨加深。万历三十六年（1608）熊廷弼巡按辽东，此时主持辽东军政的李成梁家族已经军阀化，与包括建州在内的多个女真部落勾连极深，对其在抗倭援朝战争后进行的女真兼并战争睁一只眼闭一只眼，放任其坐大，且有意为其遮掩，仍将辽西松散的蒙古部落作为主要的防御和打击对象。熊廷弼敏锐地指出“今之危敌，不在河西（蒙古）而在河东（建州女真）”，上疏弹劾总兵李成梁“驱民弃地”，主动放弃战略要地宽甸六堡、绥靖努尔哈赤的做法，主张转变战略重心，将努尔哈赤作为主要防备对象，修缮针对女真方向的防御工事，重新屯垦。这无疑证明了熊廷弼不仅文武双全，而且具有战略眼光，是明末不可多得的儒将。
巡按辽东三年之后，熊廷弼再次受命督学江南，针对江南地主、财阀利用经济势力作用于科举制度，从而在朝堂中培养代理人的企图，熊廷弼尽力向朝廷输送有真才实学的寒门子弟，斩断其利益输送链条，而江南恰恰是东林书院的所在地和东林党人的大本营，熊廷弼“所拔多名士，所进皆寒微，所黜皆乡绅津要子弟，而东林子弟居多”的做法极大损害了东林党的政治利益，双方积怨日深，“人妄拟先生有意摧东林，至此祸不可解”。熊廷弼不久就再遭东林打击，第二次辞官回乡。
萨尔浒之战的惨败让朝廷“上下震动，举朝惊骇”后，朝廷不得不再次启用熊廷弼为兵部右侍郎兼右佥都御史、辽东经略，并赐尚方宝剑。实际上是在无人可用的情况下，让熊廷弼去辽东收拾大败后的危局，熊廷弼到任后“招流徙，缮守具，分置士马，由是人心复固”，收敛残兵败将，安置流民，修缮城堡，斩杀了一些贪污、怯战的将校和官员，稍稍稳定住了局势。然而熊廷弼虽是文官出身，举止做派却颇类武人，他“好谩骂，不为人下，物情以故不附”。治军严格，令行禁止，在当时文恬武嬉、荒唐糜烂的官场大环境中很不受待见。更重要的是，熊廷弼以国事为重，将国家利益置于所属政治团体利益之上的立场，与包括东林党在内的绝大多数官僚集团相左，因而触犯了很多人的利益，很快再次卷入党争之中，吏科右给事中、浙党姚宗文污蔑熊廷弼：
“臣往日出关，阅其兵马不训练，将领不部署，人心不附戢。至工作之无时而已，邢威之有时窃发，群策之不足以图大功，恃独贤之不足以成大事，故阅视之役，不行荐举，诚不敢上欺君父也。”
按理说，后来依附魏忠贤成为阉党的姚宗文是东林党的政敌，而楚党已与东林党开始合作，东林党人即使因为积怨罔顾国家利益，不愿为熊廷弼秉公直言，至少也应该根据“敌人反对的就应该支持”的党争原则而提出反对意见。然而东林党却一反常态，对熊廷弼群起而攻之，致使他不得不一边苦撑辽东危局，一边应对朝堂之上的攻讦，很快再次去职。
东林党这种奇怪的态度，实际上源于其自身小团体的利益算计，他们当时已逐渐掌握政权，正谋划使其党人李三才复出，因此极力攻讦熊廷弼，希望以李三才取而代之。后虽未完全得逞，但也成功使东林党人袁应泰取代了熊廷弼，基本实现了其利益目标。而与“邪党”合力攻熊廷弼去职，实在是东林党人在政治方面的一大污点。
取代熊廷弼的袁应泰是东林党人中品格和能力都比较突出的人才，但其既“素不知兵”，没有军事经验和军事才能，又缺乏边疆治理的经历，对辽东的险恶局势缺乏深入的认识和了解。“既不知兵，亦不知辽”导致了他既轻敌，又轻信，很快犯下一系列幼稚的错误。天启元年初，努尔哈赤再次出兵，在没有重型攻城火炮的情况下，用中世纪的方式连续轻易攻克有高墙深堑环绕，又有大小火炮严密防守的辽、沈二城，袁应泰战败自杀。明朝在萨尔浒之后，再次在军事上遭受重大打击，而此时主政的东林党却忙于党争，既拿不出可以拯救危局的办法，也推选不出可以拯救危局的人物，大小言官反而以辽、沈之败为由竞相攻击，试图让政治对手承担战败的责任，辽、沈两座关外重镇，数万明军将士的生命和鲜血，数十万明朝百姓的流离失所，都变成了朝堂之上一个抽象的符号，争斗中的各方势力都想把这个符号加诸对手身上，至于现实中千里之外的危局和惨状，却并无人真正关心。大小臣工论起辽、沈失陷之责，则群情汹汹，论起克复辽、沈之策，则噤若寒蝉。毕竟袁应泰已是当时东林阵营能力相对突出的官员，依然落了个军败身死的下场，而那些远较袁应泰庸碌得多的文官在这种势若累卵的危局中远赴辽东，无异于以身饲虎，必死无疑。
整个朝堂上弥漫的这种无心国事、全力党争、万马齐喑、无人可用的气氛，为熊廷弼的再次复出创造了条件，也注定了他最终的悲剧命运。史载：“京师告急，宸衷震怒，大小臣工人人自危，恐势不可支，祸必及身，乃谋复起廷弼于田间。”熊廷弼应召时正患重病卧床，“一闻君命，慷慨出关”，提出“三方布置策”：
“广宁用骑步对垒于河上，以形势格之而缀其全力；海上督舟师，乘虚入南卫，以风声下之而动其人心；奴必反顾，而亟归巢穴，则辽阳可复。于是议登莱、天津并设抚镇，山海适中之地特设经略，节制三方，以一事权。”
在当时的种种“平辽”设想中，“三方布置策”是谋略最为深远且最具可行性的一种，他客观上承认了明军在野战中打不过后金军队的现实，避免了明朝使用添油战术不断将军队送到辽东白白送死，同时吸取了辽、沈之败的经验，隐晦地回避了依赖漫长的补给线，将大量物资集中在少数孤城重镇，陷入与后金围绕一城一堡死斗困局的风险。注意发挥明军在水师、火炮方面的优势，同时针对明朝在辽东事权、军权混乱，令出多门的乱象，提出收回五指、攥紧拳头的集权主张。
但这种基于客观现实的可行之策要得以实施，要克服的内部压力，远比外部困难大得多。首先“三方布置策”是一个先守后攻的策略，战略收错势必要暂时放弃一些补给难度较大，防守不易的地方，很容易背上“弃地”的罪名，而在当时东林主政的背景下，朝堂之上以“大义”为不能触碰的政治正确。“问弃之何地则不知所在，但闻弃地则暴跳如雷”，“清流”言官们往往连要放弃的地方在哪里都不知道，只要听到要弃地就群起而攻之。身既不在辽东、也不知兵的文官们大多是主张“速胜论”的狂热主战派，而《明季北略》的作者计六奇说“廷弼本胆气过人者，宜不畏战，而反主守，是知彼知己，能刚能柔一等人，真可将矣”。这样一来，二者之间形成了尖锐的矛盾，“三方布置策”要得以实施，必须面对巨大的朝堂压力。
而且“节制三方，以一事权”则意味着熊廷弼获得了统御全辽的大权，这是东林党所绝对不能接受的局面，在这种恶劣的政治环境中，“三方布置策”不可能成功实施。东林党人为阻挠熊廷弼掌权，由辽东巡抚、东林党人王化贞干扰、牵制熊廷弼，针锋相对地提出“借虏平奴策”，化贞为人“騃而愎，素不习兵，轻视大敌，好谩语”，与熊廷弼复杂的“三方布置策”相比，他的“借虏平奴策”非常简单，就是以财物笼络北元林丹汗与后金为敌，出兵“四十万骑”进攻后金，同时联络前明朝边将、后金额驸李永芳为内应，一举荡平后金。
这实在是一个小儿呓语、痴人说梦的荒唐计划，一来林丹汗虽然是名义上的北元大汗，然而其自身实力和对其他蒙古部落的控制力均十分有限，处于其直接控制下的人口尚不足四十万，又怎么可能有四十万兵力？这不过是其自我吹嘘，威吓其敌人，以及诓骗明朝不知边事愚蠢官僚的虚言。而且林丹汗自从与后金发生冲突之后，从未取得过一次像样的胜利，虽然对明朝官员夸下海口，实际上外强中干，已经有了畏敌心理。二来李永芳早已死心塌地效力后金，王化贞妄想策反李永芳算计后金，却不知李永芳对他的虚与委蛇均得到了后金高层的首肯，意在算计王化贞。而王化贞本人却对此洋洋得意，狂言半年平辽。然而就是这样一个荒唐的计划，却得到了朝堂之上大部分大臣的支持，“庙堂诸公向闻人言复辽难，须兵多饷多辄眉皱听，一闻化贞言可反掌而得，辄大喜，谓才可独任”，足见当时明朝君臣见识之短浅，人心之浮浪，已经到了罔顾常识的地步。王化贞的对策得到了朝堂认可，自然也得到了兵部尚书、东林党人张鹤鸣的鼎力支持，而熊廷弼不但得不到一兵一卒的支援，而且所请的官、兵、钱、粮全被驳回，“三方布置策”实际上根本没有实施，史载：
“广宁有兵十四万，而廷弼关上无一卒，徒拥经略虚号而已。延绥入卫兵不堪用，廷弼请罪其帅杜文焕，鹤鸣议宽之。廷弼请用卜年，鹤鸣上驳议。廷弼奏遣之垣，鹤鸣故稽其饷。”
天启二年（1622）正月，后金进攻广宁，明军大败，广宁失陷，王化贞仓皇奔逃，熊廷弼以五千兵马出大凌河，掩护溃败军民入关。广宁失陷次月，王化贞被逮捕，熊廷弼听勘，按照当时的分工，辽东经略负责统御山海，因此广宁之败熊廷弼无责，护送军民入关反而有功，熊廷弼自己也是这么认为的：
“臣奉命控扼山海，非广宁所得私，抚臣不宜卸责于臣。”
当时的舆论也普遍认为熊廷弼无责：
“广宁之败，化贞忽同三四百万辽民一时尽溃，廷弼五千人，不同溃足矣，尚望其屹然坚壁哉！廷弼罪安在？”
王化贞按律当诛，兵部尚书张鹤鸣也难逃干系，背后指使张鹤鸣操纵辽东兵权转移的内阁也要承担主要责任，因此东林党则欲将广宁之败的责任栽赃在熊廷弼头上以推卸责任，同时保住张鹤鸣，熊廷弼对此愤怒地上疏争辩称：
“惟河西所以断送之故，虽由抚臣王化贞，而主令决战以致其七进七退玩兵速败者，张鹤鸣也；恿用间用贿用乡兵辽将，以致于佯退卖阵谋缚献城者，张鹤鸣也；兵马钱粮器械尽送广宁，不容关上留下，不为登、津处给窘，经略如穷人无归者，张鹤鸣也；驻扎关上调度三路有敕，严勒兵将控扼山海有谕，广宁进兵方出策应，屡讨兵马下部议复皆抗违不遵百计破坏，张鹤鸣也专救节制广，宁、登、津、蓟、真、山东各抚镇，特救调度各省镇而为广宁谋夺节制沮抑经略不得行一议做一事者，张鹤鸣也，怒臣章疏书揭屡屡责备而恨不立陷封疆以陷臣，而挟其忿者，张鹤鸣也。”
然而在当时东林把控朝政的大背景下，熊廷弼孤立无援，内阁要推卸责任，必保张鹤鸣，而保张鹤鸣，则必杀熊廷弼，而且熊廷弼刚直的性格和巨大的冤屈，使得他在上疏中指出了一个对东林党和对他自己都非常致命的问题，即在文官中普遍存在的“玩兵”问题。因为文武分家导致的文武地位悬殊，使得明季士大夫无论阵营，既不把兵士当同胞，也不把武将当同僚，而将其当做无意识的工具和耗材，为了政治目的白白牺牲将士的鲜血和生命亦不甚惜，只要自己占住了“大义”的道德高地，万一自己“玩兵”侥幸赌赢了，则是大功一件；要是“赌输”了，无论枉死多少武夫，自己都不需要承担责任，翻脸就可以摇唇鼓舌，以大败为由攻击政治对手。纵观明亡清兴过程中明军在关外的几次大败，从萨尔浒到松锦，那些对前线将领攻讦不休，指责其畏敌惧战，不停催促将领出击，甚至遥控“玩兵”的文官，大多数没有得到应有的惩罚。
当时后金将领嘲讽明军“上阵如以命作戏耳”，实际上就是文官玩兵的恶果。除了接踵而至的灾难性惨败，文官玩兵更严重后果是文武加速离心，以及武将为了避免执行文官玩兵所下达的自杀式指令而自觉或不自觉加速军阀化，崇祯时代大批武将“听诏不听宣”“俨然如一方诸侯”就与此有很大的关系。熊廷弼在这种于己不利的处境中指出东林党“玩兵速败”，无异于直戳整个东林党高层的肺腑，将自己送上必死之路。当时一些心中仍存良知，对熊廷弼的冤屈抱有同情的东林党高官如韩爌，对他也是“生前不肯营救，只于死后鸣冤”，这与熊廷弼揭露东林党本质的这封上疏是不无关系的。
天启二年四月会审熊廷弼时，东林果然倾巢而出，诬陷熊廷弼失陷封疆，不救广宁，必欲置其于死地：
“熊廷弼向使广宁告急之日兵方出策应，肯做兴师或卷甲疾趋广宁，提一剑以勘祸难，或坚垒固守右屯，收余烬以图恢复，反败为功，死且不朽。”
当时辽西归王化贞统领的兵马有十余万，且有坚城可恃无，尚且在旦夕之间大溃而逃，熊廷弼只有孤军五千，如何“反败为功”？更有无耻之尤者如左都御史邹元标，直接质问熊廷弼为何不愿去死：
“廷弼拭扪心一思，丧师失地，同抱头鼠窜，亦安得有差乎胡不引从前之经略观之也，比之杨镐更多一逃，方之袁应泰反欠一死若厚诛化贞，而廷弼少及于宽罪，同罚异非刑也不惟无以服天下万世之心，亦恐无以服杨镐、袁应泰之心矣宜用重典，以警将来。”
东林党就靠这些颠倒黑白、匪夷所思的构陷之语，将熊廷弼和王化贞一同论死下狱定案。张鹤鸣畏罪乞休，仅被罢官。当时也有一些正直之人替熊廷弼多方活动营救，若能拖到崇祯朝，熊廷弼或可不死。此事本与阉党无涉，但天启四年杨涟等上疏弹劾魏忠贤时，魏忠贤苦于没有可以置杨、左、魏等于死地的罪名，阉党徐大化向他献计：
“彼（杨涟、左光斗）但坐移宫罪，则五脏可指。若坐纳杨镐、熊廷弼贿，则封疆事重，杀之有名。”
于是孤立无援的熊廷弼就成为了阉党和东林党残酷斗争的牺牲品，阉党为了置杨涟等东林党人于死地，诬陷熊廷弼挪用辽东军饷向杨涟行贿，将与熊廷弼无关的移宫案和与失陷封疆案合成一案：
“拟以移宫为案，苦无赃。徐大化倡为封疆之说，盖移宫止属杨（涟）、左（光斗），与顾大章无预；封疆止周朝瑞荐熊廷弼，顾大章与杨维垣争辩与杨、左四人又无预，合移宫封疆为一局。”
这样一来，要杀杨涟等“六君子”，就要先处决熊廷弼，天启五年八月，魏忠贤主持朝议时向群臣施压称“廷弼即议处决”，众臣不敢反对，熊廷弼当月被杀，“传首九边，尸弃漏泽园”，其子也被“奉旨追赃”的贪官污吏逼迫自杀，熊家一门家破人亡，下场极惨。熊廷弼死后，东林“六君子”“七君子”随即被害，阉党继以“封疆通贿案”为契机，杀得东林党人头滚滚，而他们在“失陷封疆案”中构陷熊廷弼时，大概做梦也想不到自己会因为自己做成的冤案与熊廷弼一同被杀。
时人高汝栻痛惜熊廷弼之死称:
“廷弼慷慨挥霍有余，涵养温恭则不足。高言雄气不肯下人，世所以刚愎虚骄目之。自有辽事以来，再任经略，不取一钱，不通一馈问，终日焦唇敝舌与人争言大计，视国如家，第以经抚见左，复与中枢宿怨，动辄掣肘，愤激坐视，遂膺显戮。悲哉！然当事者亦无意即杀，自杨（涟）、左（光斗）起而熊廷弼之死决矣。故曰:廷弼不死于封疆而死于时局，不死于法吏而死于奸珰也。珰谓不以封疆串移宫则不能创大狱，不以封疆受贿诬诸臣，则不能作清流之陷阱，不杀廷弼，则不能借题追赃，加诸臣以身后之诛。夫贻误封疆，伏法何辞，然终不死于封疆而死于时局，不死于吏议而死于奸珰。是以九泉之下，目不瞑耳。”
熊廷弼死不瞑目，而广宁之败真正的罪魁祸首王化贞却因为行贿，一直拖到崇祯五年（1632）东林党第二次主政时迫于舆论压力才被处决，王化贞在临刑时怒骂东林党人：
“奸臣尔，当日要杀熊廷弼，教我只管争功，今败事是汝等误我也。”
这个“騃而愎”、一生稀里糊涂的愚蠢官僚，死到临头时说的这句明白话，却道出了丧尽初心之后的东林党的本质，可谓是那个黑暗的乱世中，最为漆黑的黑色笑话。
熊廷弼之死确实由阉党亲自操刀，但他的死局却是东林党人一手造成的，一群以“救国”为志向的人，害死了一个真正救国的人，然后又被自己所制造的冤案害死。熊廷弼的悲惨命运，既是那些厌弃党争，一心救国的士大夫悲剧的缩影，也是明末整个士大夫集团悲剧的缩影。
