1592年的五月，大明的万历皇帝朱翊钧的桌案上收到了辽东巡抚郝杰向兵部发来的紧急奏报：“据朝鲜国王咨，本年四月十三日，有倭船四百余只，从大洋挂蓬，直犯朝鲜，围金鱼山镇地方，本镇将领等督兵交战，贼势方炽，镇城外人家尽被烧毁。”《万历邸钞》万历皇帝迅速对此事作出重要指示：“者（这）倭报紧急，你部里便马上差人，于辽东、山东沿海省直等处，着督抚镇道官，严加操练，整饬防御，毋致疏虞。”《万历邸钞》这件事为“万历三大征”之一埋下了伏笔，也成了万历皇帝一生战事上的经典事例。
万历二十年（1592）日本的“太阁”丰臣秀吉突然发动对朝鲜的战争，应朝鲜国王请求，明朝出兵救援，此次战争成了万历对外军事的“万历三大征”之一。这场战争源于丰臣秀吉统一日本后的强大野心，意在实现雄心勃勃的 “大东亚构想”。作为大明近邻，第一步就是要吞并朝鲜。从而利用朝鲜为跳板“假道入明”，进而侵略大明山河。《铃木良一秀吉的朝鲜征伐》
丰臣秀吉
这个出身极其底层的丰臣秀吉，随着权力和欲望的催化，一时之间把东北亚搅动得四邻不安，其在万历二十年率领号称20万大军直驱朝鲜，其兵力配置，径直成为“征明军力编制”。仅仅几个月，日军在朝鲜釜山登陆，朝鲜国王对此反应迟钝，终日沉湎于享乐，仅仅登陆二十多天就攻陷了朝鲜首都王京（汉城），俘虏了两名王子和众多大臣，国王逃出，当朝鲜大部分国土几乎沦陷时，才向明朝求救《万历三大征》。这场胜利对丰臣秀吉来说太容易了，他曾轻蔑地说：“是何异断睡人之头乎？”与此同时，丰田秀吉认为大明也即将被征服，并提出二十五条的“大陆经略计划”，其主要是：“拟把天皇移行到北京，日本的天皇拟由后阳成天皇的皇子良仁亲王或皇弟智仁亲王出任，丰臣秀吉自己拟移驻日明贸易的港口宁波。《日本史之迷》
“壬辰丁酉之倭乱”
丰臣秀吉对朝鲜通信使说，要朝鲜国王充当“征明向导”，大明一时之间仿佛山雨欲来风满楼。兵部给事刘道隆指出，日本此举非常明确：“先并朝鲜，而后犯中国。”礼科给事中张辅之说：“即今朝鲜不守，祸切震邻，倭船四百，众可十万，朝鲜财物不饱其欲，必不安于偏舟海盗之间。”《经略复国要编》辽东巡按御史指出：“倭寇猖獗，万分可虞。先是，许仪后传报，倭奴先收高丽，再议内犯。今已破朝鲜，盖凿凿左验也。”当万历皇帝朱翊钧正式接到朝鲜国王送来的紧急求救后，就战争进行首次正式表态：“朝鲜危急，请益援兵，你部里看议了来说。王来，可择一善地居之。”根据万历指示，各部官员纷纷上书发表自己意见，反对的一片，支持的一片，一大堆上疏纷纷报到皇帝面前。最后在万历的决定下正式下发主动参与挽救朝鲜的指示，同时迅速任命兵部右侍郎宋应昌为备倭经略：“宋应昌便着前往蓟保辽东等处经略备倭事宜，就写敕与他，钦此。”
万历戎装画像
然而这个宋应昌对此非常忧惧信心不足，同时被御史弹劾不称职，宋应昌于是顺水推舟请求辞职，理由是，既然被人怀疑“不知兵，何以号令将士？”。万历皇帝大怒，驳回宋应昌的辞职：“浮言反重于朝命，国纪何在？”最后命他全权负责援救朝鲜“将领以下听节制，违者以军法从事”。同时任命李如松为东征提督，集结四万兵马赶赴朝鲜。在万历的迅速决断下，明朝军队开始进攻平壤，并获得大捷。宋应昌的战略是必须攻下在朝鲜王京的日本人，不然朝鲜不能收复，同时认为朝鲜所存储的大量粮食足够日本军队长期使用，于是“夜令死士以明火箭烧龙山仓十三座，粮尽，倭大窘，乃弃王京去。”这种在根本上断绝日本粮道的做法扭转了战争的主动权。万历二十一年（1593）四月，双发在汉城开始谈判，日本提出了几个条件，万历批示道：“朕以大信受降，岂追既往，可传谕宋应昌，劝彼归岛，上表称臣，永为属国，仍免入贡。”《国榷》
明军发动对日作战
在如何收尾朝鲜问题上，大明王朝官员发表了各自看法，其中以兵部职方司主事曾伟芳为代表，认为应该更换朝鲜国王，万历皇帝认为其他方面他说的很有道理，但是对于更换国王则予以否决。
此后不久，万历皇帝给朝鲜国王写信，批评了朝鲜国王对此次战争的失利的消极应对：“尔国虽介海中，传祚最久……乃近者倭奴之故，有的人说你终日享乐，宠信小人，不体恤民生，不练兵防御，前车既覆，后车不可不戒哉……”最后非常严肃地说：“王今自还国而治之，尺寸之土，朕无与焉。更不能抱有我们经常越过国界搭救为常事，如果今后你还这样，‘猝有它变，朕不能为王谋矣。’”就是告诫他我只能救你一次，再有事，我也管不了你了。《明神宗实录》
这场战争，日本共投入军力达二十万之多，明朝从战略上看清了日本庞大的野心，因此采取长期作战的战时体制，出动水军和陆军共9万人。《明神宗实录》，朝鲜的《宣祖实录》统计明军有出动十一万人之多，也算得上明朝的长途奔袭和“以少胜多”的一次战争。
明朝将领接受日军投降
这场战争的最终胜利结果和方式虽然在历史上存在一定争议，但不能否认的是，万历皇帝在这场战争胜利上发挥了关键性因素。首先是万历排除干扰，否决了众多不出兵挽救朝鲜的建议，“九卿科道依违观望，今亦不必会议。”如果在言官们的彼此争吵下，万历不在关键时刻拍板，恐怕在时间上就失去了对日取胜的机会，表明了万历在关键时刻的战略决断。
其次，选对了人，在御史弹劾宋应昌时，万历给予了严厉斥责：“宋应昌已奉命经略，只为郭实一言，遂畏避不肯前去，沿海边务责成何人？浮言反重于朝命，国纪何在？倭报已紧，宋应昌可即择日行。郭实怀私王奏，阻挠国是，着降极（级）边杂职用。再有渎扰的，一并究治。”同时赋予了他节制和生杀大权，让宋应昌指挥和机动上有了信心。《万历邸钞》最后是万历在见好就收上处置的较为适度，从高度上看清了日本的野心和实力，将朝鲜挽救回来，不进一步将大明拖向战争泥潭，并对朝鲜国王提出警告，均表现了万历对这次战争的处理的高超水平。
