李定国在大西军余部的后期，作为最主要的领导人，正确地坚持符合形势需要的扶明政策，影响很大，值得肯定。不过他注意了大西农民军与永历政权的合作，对于大西军内部的团结却注意得不十分周到。
他与孙可望的矛盾，主要责任无疑应由孙可望去负，而他在处理这个问题上，也不是毫无缺点可言。孙可望降清后，他对其余部所做的争取工作又欠周全。而这些，对于大西军余部和永历政权的最后失败，都产生了一定的影响。
所以，李定国的一生应该充分予以肯定，封建史籍的作者一般也给以赞许之词，但他们所赞许的是李定国后半生的“改邪归正”，实际上李定国在明末是反抗封建压迫的英雄，清初是抗击满洲贵族武力征服和暴虐统治的杰出统帅。
如果不以成败论英雄，在明清之际各方面的人物当中，他是光彩四耀的一颗巨星，其他任何人都无从望其项背。
张献忠牺牲后的大西军政策
张献忠牺牲后其余部由平东将军孙可望、安西将军李定国、抚南将军刘文秀、定北将军艾能奇等带领，撤向川南。顺治三年（1646年）十二月至重庆，绝过水战，阵杀明守将曾英进入城中。因尚未摆脱清兵的威胁，决定由遵义入黔。同月二十七日到綦江。翌年正月十日至遵义接着突破乌江的明军防线进入贵阳，明守将皮熊等弃城而逃，不久再占领威清、平坝、安顺等处，在贵州暂时站住了脚。
大西军余部在向南撤退的过程中，对自己的政策作了很大调整。其中主要有两点：
一是立即停止了在四川一度执行的杀人过甚的政策。孙可望等人对于张献忠在四川过多杀人早就不满，大西军在四川严重受挫之后，他们更加感到这种政策极不可取，因而当机立断，改弦更张。
李定国抗清
为了实现这个转变，他们撤至遵义时，杀掉了极力主张过多杀人的汪兆麟。此后，大西军所到之处，除了顽固抵抗者外，一般不再杀人，如在遵义驻屯十几天时，即“无所侵掠，,第遣贼往各乡村索刍粮”。
二是由反明转向扶明。在清兵到达四川之前，大西军对于全国范围内民族矛盾地位的日益上升缺乏感受，清兵之突然进川和张献忠之突然牺牲，使大西军强烈感受到民族矛盾地位上升的事实，这促使他们不能不重新考虑自己在明朝和清朝之间应采取什么态度。
云南人刘彬所作《晋王李定国列传》，记有李定国在大西军进入云南后敦促孙可望落实扶明政策时说的一段话，这段话是：“闯、献两帝辛苦二十年，蹂躏遍天下，至今身死业隳，究无寸士。而（空缺两字当是蔑称清朝的字眼）坐享渔人之利，甚可悲也。吾辈本大明臣民，中国沦陷于外寇，则当严辨华夷之界，以中国为重。今挈滇黔、蜀归就明室，诚心辅佐，恢复旧京，荡清海内，则半生流贼之耻辱可雪，将来竹帛之垂名可图也。”
大西军余部政策调整是十分正确的，它们对大西军余部的发展非常有利，对抗清阵营的团结、统一极有好处，标志着大西军余部拥明抗清阶段即将到来。令人感到可惜的是，由于种种原因，大西军余部的扶明政在后来的落实过程中多有曲折，积极作用没能充分发挥。
对云南的治理
在平定“沙定洲之乱”后不久，利用自己手中的权力，大西军余部的将领们根据客观情况和自己的愿望，采取了一系列措施，对云南加以治理。
首先是建立政权。当时，永历政权虽已建立于广东，但“诏令不至”，所以大西军余部将领们便自主地在云南建起了政权。自张献忠牺牲以来，大西军余部一直是在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四人的领导之下，而其中孙可望“年差长，又稍知文墨，故位第一”；因此，这个政权是以四人为首脑，而其中又以孙可望位最高。
李定国
另外由于大西军余部将领奉行的是“扶明”的政策，政权中吸收了不少明朝官吏参加。可望、文秀、定国与能奇皆改称王，原明朝御史任僎等“倡议尊可望为国主”。王下有六部等官。杨畏知被任为华英殿学士兼都察院左都御史，任僎被任为副都御史。
这个政权无疑是现实存在的、有土有民的实体，但没建国号，不定年号，唯“以干支纪年”。这一现象表明，它虽实质上作为一个独立政权而存在，但不以独立政权自居，时刻准备接受明朝朝廷（按当时实情，即指永历政权）的领导。
其次是操练士兵，修造武器，加强军备，严明军纪，不许扰民。
第三是令各府州县立登闻鼓，开放言路，鼓励绅士军民为地方利弊之兴除而进言，严惩贪污，整顿吏治。
第四是严保甲，设门岗，加强省城的治安防范。
最后是兴修水利，借民牛种，制定正常的赋税征收办法，发展农业生产，铸造“兴朝通宝”铜钱，允许百姓开采金银铜铁等矿，保护手工业和商业。
由于这些措施的实施，云南被治理得秩序井然，社会经济欣欣向荣。在大西军余部入滇的那一年夏天，史称“大饥”，但当年秋天就取得好收成。第二年、第三年更连续出现“大熟、百姓丰足”的局面。
在实力增大的基础上，在永历四年（1650年）秋以后，大西军余部出兵黔川，至永历五年（1651年）底，其辖区包括了云贵两省及四川南部和北部的广大地区，使清朝在四川只保有北部一隅。
秦王封爵之争
按照大西军余部的“扶明政策”，该部入滇后应尽早与永历政权联系上，并接受其领导。但是，在入滇后近两年的时间内，这一情况一直没有出现。如果说刚入滇时，两者之未能建立联系，乃是由于时间仓促、消息不明等客观原因所致，那么过了段时间之后，这种情况继续存在，就不能不从大西军余部的领导人身上寻找原因了。
孙可望进军路线图
应该说，这主要是大西军余部的主要领导人孙可望对此不积极所致。这时，他热心的是称国主、提高自己的权势地位，对于原来的“扶明”决定逐渐淡漠，以致接近背离这是不难理解的。孙可望在与李定国等人作出“扶明”决定时，所处的境况是清军在后面紧追，而自己没有一块稳定的立脚之地；这种紧迫的情况使之以采用“扶明”政策最为相宜，否则便会身处绝境。
而进入云南后，稳定的立足之地搞到了；处境的转变，使之不再感到必须通过“扶明”去摆脱危机，相反，对彻底落实扶明政策将要带来的交出最高领导权的后果会有所考虑。
孙可望作为一个封建社会的农民起义首领，没能克服掉对个人权势的追求欲望，他在考虑到这种后果时，很自然地会踏步不前，以至于趋向把原来的决定根本丢掉。
但是，永历三年（1649年）春，也就是在大西军余部进入云南接近两年之际，孙可望突然派出了使者杨畏知等前往肇庆，与永历政权联系，要求永历帝给予其秦王的封爵。这是为什么呢？原来孙可望此举的目的，主要是为了便于击败在大西军内部的竞争对手李定国，进一步提高自己的权势。
孙可望在给永历帝的信中所提要求，是“王绳父爵，国继先秦”。这是一个要价颇高的条件。如所周知，明代制度，异姓未有封亲王者，而且“秦王乃亲藩上十王之首”，永历皇帝如果答应了他的这个要求，就是违犯祖制。
孙可望请封的使者到达永历朝廷后，永历君臣中出现了不同的主张，争论不已，孙可望与永历政权间也反复讨价还价，直到永历四年（1650年）十一月，永历政权统辖的广州、桂林相继为清兵攻克，永历帝由梧州逃向南宁等地，此后清兵日逼，永历政权惟一保留在手中的地盘广西地区，也在一天天丧失，在这种紧迫的情势下，永历君臣走投无路，深感有必要争取孙可望的支持，在秦封问题上才决定主动妥协。
永历五年（1651年）五月，正式封孙可望为秦王。次年初，永历帝在地盘丢光后之得以迁居大西军余部势力范围内的安隆所，其原因即在此。
永历小朝廷之向孙可望实行妥协，由于仅仅是出于形势所迫，所以内心里并不甘心，而孙可望的个人权势欲随着其势力的扩大，也在日渐发展。这样，双方建立的新关系不可能长期继续下去。永历帝迁到安隆所后不久，为了争夺地位，双方就展开了争斗，这成了导致大西军余部与永历小朝廷最后一起归于灭亡的重要因素。
孙李矛盾的爆发
永历六年（1652年）三月，为了抵御清军的进攻，孙可望派出了两路大军。一为派刘文秀入川，将步骑六万，出叙州、重庆；一为派李定国出湖南、广西，以征虏将军冯双礼为副手，将步骑八万，计划由武冈经全州，进取桂林。
吴三桂
刘文秀一路最初进军很顺利。八月，连取重庆和叙州，吴三桂屡战不利率清军撤向保宁，刘文秀跟踪追到保宁。但十月保宁一战，刘文秀骄傲麻痹，吃了大败仗，几乎全军覆没，最后收集少数残余，退向贵州，被罢职。
李定国一路四月克黎平；五月连下沅州、靖州、武冈和宝庆。七月四日攻克桂林，清朝坐镇桂林的孔有德自焚身死。不久，又收复平乐、梧州、柳州南宁等地。九月，挥师北上，夺得永州、衡州，十月所派北取长沙的部将略地岳州，所至披靡。另外，所派另一支部队还攻下了永新、安福，“遂围吉安”。至此，李定国“兵出凡七月，复郡十六、州二，辟地将三千里，军声大振”。
李定国出征旗开得胜，令人欢欣，但他与孙可望的矛盾随着捷报的频传而日益激化起来，严重地影响了对清作战。
当桂林之役的捷报传到贵州后，孙可望题请封李定国为西宁郡王兼行军都招讨，冯双礼为兴国侯，并准备派人前去犒军。但未曾出征的驾前军（孙可望的护军）却产生了嫉妒心，表示不满。“诸往来使命者”，复“多增饰喜怒，谓定国闻郡王封，滋不悦，曰：封赏出自天子，奈何以王封王！”
于是对李定国本有忌心的孙可望，这时猜忌更重了。他自贵阳率兵东出湖南，“欲夺定国兵柄”。这年七月，清朝为加强对西南地区抗清力量的镇压，命和硕敬谨亲王尼堪为定远大将军，统兵征湖南、贵州，十月抵湖南。李定国闻讯，令屯驻长沙的部将主动放弃长沙，而后在衡州境内布下埋伏，以夹击敌人。
这是一个很好的计划，但是已带兵至武冈的孙可望却故意破坏，密令李定国的部将违背李定国的部署行事，结果在十一月下旬的衡州之役中，李定国部虽击毙了尼堪，而从整体上无法战胜敌人，只好收兵走邵阳、退至宝庆。
接着,孙可望招李定国赴武冈议事，李定国得到到武冈将被孙可望杀害的密报，行至中途引兵转向广西。第二年三月，孙可望率驾前军与清兵战于湖南西南部岔路口，大败，逃归贵阳，清兵遂陷武冈、靖州、沅州、黎平等地，大掠千里。后孙可望又以刘文秀挂招讨印，领兵恢复常德，亦败归，可望令之回云南驻守。
李定国转移到广西后不久，又东进广东，从此在两广地区东西转战。永历七年（1653年）三月败于肇庆，退驻柳州。七月取高州府境内化川、吴川、信宜、石城。又率兵二万围攻桂林七昼夜，（永历六年桂林被李定国攻克后，由于李定国率兵入楚，不久重陷清手），不克，闻清援兵自武冈开来，撤围而去。
永历八年（1654年）四月，兵至雷、廉,攻克罗定、新兴、石城、电白、阳江、阳春等地。五月，下高州。进围新会，十一月清兵援军大至，李定国撤围而去。九年二月，败于广西兴业，再败于横州，收余众退保南宁。
1658年形势图
李定国自永历六年（1652年）至永历九年（1655年）的出征，对清朝打击很大。遗憾的是由于内部分裂，最后遭到了失败，这对后人是一个极深刻的教训。
到达安龙后的永历帝及李定国迁之入滇
孙可望之请封秦爵和迎永历帝入境，本非从扶明政策出发，只是为了抬高自己的地位，满足权势欲望，所以永历帝迁到安龙后，不受礼遇。一切诏命，悉非帝出，“可望假天子号令，行中外”，“生杀予夺，任意恣肆”，并“拟改国号曰后明，日夜谋禅位”。
永历帝不能忍受孙可望的简慢无礼，孙可望阴谋禅位的活动更使之寝食不安；他了解到李定国很久便与孙可望有矛盾，而且永历六年（1652年）春天以后率军出征在外，屡打胜仗，声势颇振，遂决定秘密召之前来护驾。
经过与内监张福禄、全为国、吏科给事中徐极、兵部员外林青阳、首辅吴贞毓等相商，于永历六年（1652年）十一月商定由林青阳将密敕送出。年底，林青阳“抵定国所，定国接敕感激，许以迎王（指永历帝）”。但他未能马上来迎，因他拟于“恢取东粤”之后再行。
由于林青阳久去未归，次年六月，永历帝又差使往催。永历帝的上述活动，很快被身在安龙但一心投靠孙可望的明官马吉翔得知，马即向孙可望告密。孙可望马上派亲信部将郑国查处。在性喜投机、极力向孙可望献媚的宦官庞天寿的帮助下，永历八年（1654年）三月初六日，郑国在安龙速捕了有关人员；并用严刑拷问的方法查清了详情，惟永历帝受到有关人员的保护，其参与情况未能查到。
最后此事以“盗宝矫诏，欺君误国”八字结案，内监张福禄等三人被判为首犯，凌迟处死；翰林蒋乾昌等十四人被判为从犯，处以斩首；首辅吴贞毓因地位特殊，仅令自缢。十八人被合葬于安龙北关马场。这一事件，史称“密敕之狱”。它是永历帝与孙可望围绕最高统治权而进行的一场斗争。此后永历帝周围“莫非可望私人”，永历帝“笑啼言语不敢自由”。但是，孙可望的这次胜利只是暂时的，形势很快就发生了变化。
永历九年（1655年）李定国退至南宁后，所部只有六千人，其势甚衰，孙可望乘机派部将关有才等统兵来袭，李定国大惊。记室金维新向李定国献计说：“王无患焉”，来者“虽盛，皆王旧部卒，必不敢相敌。今我疾引兵从间道出其后，彼惊溃。我乘胜入安隆，迎天子入云南，大势在我，秦王无如我何也”。李定国听后甚觉有理，决定按计而行。
关有才等来到广西后，屯兵于田州，李定国兼程疾进，偷袭其营，关有才跨马而逃，其军士全部投降。永历十年（1656年）正月二十二日，李定国来到安龙，永历帝从此进入李定国军营中。时大西军余部重要将领白文选正在安龙，即留在李定国营中。由于永历帝与李定国的会合，使李定国在政治上获得了永历帝这面有一定号召力的旗帜，从而大大加强了自己的地位，此后不久，大西军余部中起决定作用的第一号人物，便由李定国代替了孙可望。
正月二十六日，在李定国、白文选的拥戴下，永历帝自安龙出发，迁向云南。二月二十二日到曲靖。李定国将永历帝暂时安置在这里，自己先率兵赴云南省城。这时云南省城驻军不多，且主要守将刘文秀欢迎李定国的到来，因此李定国到后即顺利入城。
马吉翔
三月，李定国与刘文秀遣兵自曲靖把永历帝迎至省城。不久，永历帝封李定国为晋王，“各处镇守、都督、总兵、都司、守备以及马步军兵”，悉归其“统领调遣”；刘文秀封蜀王；白文选封巩国公；善于花言巧语的马吉翔本被拘禁，但经大施谄谀伎俩迷惑了李定国，很快得以文安侯“入阁办事”。对于孙可望则派白文选前往相招，令其回滇。孙可望见状大怒，但“以妻子在云南，蓄谋不敢动”。
孙可望降清
李定国之迁永历帝入滇，是他在与孙可望斗争中取得的重大胜利。但入滇之后，他不能不考虑到清兵对西南的进攻仍在继续，他必须采取措施缓和与孙可望的矛盾，以便共同对敌。
所以李定国入滇不久即派白文选至黔招孙可望回滇。这一措施失败后，李定国仍未停止这类活动。永历十一年（1657年）五月，他又让永历帝出面，派张虎把尚留云南的孙可望家属送往贵州，临行前还特地在后殿由永历帝接见张虎，要他设法调解孙李关系。
可是，张虎系孙可望心腹，对永历帝入滇后给他的封爵不满意，因此至贵州后竟不顾大局，不仅不调解，反而造谣说永历帝要他找机会杀死孙可望。对于张虎的挑拨，孙可望信以为真，十分恼怒，加之妻子已离开云南，无所顾忌，遂不顾一切地决定向云南发动军事进攻。至此，李定国缓和与孙可望矛盾的努力完全失败。
八月，孙可望开始正式向云南进攻，出兵号称十万（或说十六万，或说十四万等），自己亲自督领，留冯双礼守卫贵阳。时李定国的全部兵马不过三万，双方力量相当悬殊。然而孙可望所为不符合团结抗清大计部下多不为所用。这决定了孙可望兵多而反败。
九月，双方接战于交水，孙可望军临阵反戈，孙可望只剩下五十余骑，奔还贵州。十月一日到达贵阳。不久，因李定国派刘文秀领兵来追，又继续东逃，十日到偏桥，随行仅剩二十余人。及过镇远、平溪、沅州，各守将俱闭营不纳。睹此情景，孙可望懊丧地感到：人心俱变，惟有降清才有出路；遂狼狈赴长沙，降于清经略洪承畴军前。冯双礼投向李定国一边。孙可望降清后被封为义王，送往北京，不久因病身亡。一说后随出猎，被射身死。
清军攻入云南
正当孙可望与李定国内斗的时候，清军一路凯歌攻占贵州，然后摆出一副进攻云南的架势。由于形势日益紧张，李定国同主要将领白文选、冯双礼等全部出兵抵抗（时刘文秀已死）。李定国与冯双礼扼盘江河，据鸡公背，谋攻贵州，白文选受命守七星关。
但这时清朝大兵聚集，起义军已不是其对手。李定国等连吃败仗，只好后撤。十二月十三日，李定国撤到云南省城。省城里得到了前线失利的消息，人心惶惶，永历帝急忙出逃，时在十五日；后经楚雄、大理等地，于永历十三年（1659年）正月四日到达永昌。
李定国在永历帝西逃时，以大兵断后，晚于永历帝三天离开省城，至大理追上永历帝，后又跟到永昌。在李定国、永历帝向西撤退时，清兵紧追不舍。永历十三年（1659年）正月三日，吴三桂等率兵进入云南省城。闰正月二日，清兵向永昌方向进发，十五日至大理之玉龙关，白文选与战败走。
消息传到永昌，永历帝西撤腾越，十八日到达。李定国亲自率军在潞江以西二十里的磨盘山设伏以待清兵。此山箐深路曲，本有胜敌希望，但清兵至后叛徒告密，李定国终被打败，于二十二日夜半撤走。永历帝逃至腾越后继续西逃，二十五日至盏达土司，二十八日入缅关，二月一日至缅甸境内大金沙江。二日，缅甸王派人以四只船只来迎。十八日至井亘。五月八日，迁至距缅甸京城阿瓦甚近的赭径。
磨盘山之役后，吴三桂等对永历帝又追击了一段路程。闰正月二十四日取腾越，二十五日过南甸，追至孟村，“离腾越百有十里，为云南迤西尽界”。三十日“振旅班师”。三月（清顺治十六年闰三月）二十三日,“旋师昆明”。四月二十四日“会奏全滇平服”。“以荡平功”，清帝命“三桂总统全师，镇守云南，而经略及将军、贝勒等俱覆命”。
永历帝及李定国之死
清兵在永历十三年（1659年）占领云南后,由于感到条件不成熟,没有继续进军缅甸以彻底消灭永历政权。但奉命镇守云南的吴三桂急于再立“新功”，第二年四月便上疏要求立刻出兵缅甸。
经过一番研究，清朝皇帝批准了吴三桂的计划，这年八月派爱星阿为定西将军，“率禁旅会三桂南征”。不久，吴三桂传檄缅甸，“令执由榔以献”。这时，缅甸已因李定国、白文选等的屡次进攻，吃尽了苦头，所以改变了以前不交出永历帝的决定，接到吴三桂的檄文，就答应一旦打败了李定国等，即将永历帝献出。
永历帝殉国处碑
永历十五年（1661年）春天，吴三桂派人到缅甸，商定了出兵日期；三月，吴三桂派出的一支部队已开到了猛卯，与之相配合。七月，缅甸王制造了咒水事件，以吃咒水盟誓的名义，将永历帝左右的大臣骗出，杀死四十二人其中包括沐天波等，从此永历帝左右再无有力反抗之人。
十二月初一日，吴三桂所督清兵到达缅甸京城附近，初三日，缅甸送永历帝至清兵营中；同月九日，吴三桂等带着永历帝班师回国。永历十六年（1662年）三月到达云南省城，四月永历帝被杀死。至此，永历政权最后灭亡。
永历帝被俘时，李定国正在九龙江（澜沧江下游），闻报，东走景线。翌年五月至孟腊，患病。不久，永历帝被害的消息传来，李定国“恸哭发丧，命军士缟素”。病情继续恶化，六月二十七日死去。一说死于景线。
当其病重，托其子李嗣兴于部将靳统武，并且留下遗嘱：“宁死荒外，毋降也。”但其死后不久，靳统武也死去，嗣兴无所依而降清。
