倭寇其实在元末就已经出现了，只不过到了明朝越来越严重，关键在于明朝一直打击，却始终没有成效，尤其是嘉靖年间最严重。所以，在这个时候也出现了戚继光等抗倭英雄。然而，令人奇怪的是到了清朝，这个袭扰了大明两百多年的倭寇，却突然销声匿迹了，这是怎么回事呢？第一，从日本的角度看，日本由混乱进入了稳定时期。第二，清朝的禁海相比明朝更加彻底。
第一
倭寇主要是日本人，当然了，其中也有不少是大明沿海地区的海盗等等与之的结合。但从日本的角度看，14世纪初叶，日本进入南北朝分裂时期，封建诸侯割据，互相攻战，争权夺利。在战争中失败的一些南朝封建主，组织武士、商人和浪人到中国沿海地区进行武装走私和抢劫烧杀的海盗活动。到了嘉靖年间，日本进入了更加混乱的举国混战的战国时代。这种混乱影响了日本，但经济还是在发展，中日勘合贸易完全断绝，也导致倭寇侵扰日益严重。
可是，到了清初的时候，日本进入了稳定阶段。1603年，德川家康取代丰臣氏开始统治日本。为了自己的统治，日本之后大力推行闭关锁国政策，国内局势进入稳定期，政府控制能力大大增强。那么，在这种情况下，日本的倭寇也就不怎么敢出来了。
第二
从中国的角度看，明朝虽然从朱元璋时期就开始禁海，但并不彻底，朱棣时期甚至主动开启了下西洋的活动。所以，这也给了倭寇和海盗机会，他们可以利用各种机会窜到大陆来袭扰，抢掠。清朝入主中原后，同样禁海。甚至在清朝初期实行“迁界禁海”政策，将沿海百姓全部迁入内地，即便倭寇侵入沿海地区，也根本找不到可以劫掠的目标。
