1916年（民国五年）3月22日，袁世凯被迫取消帝制，恢复“中华民国”年号，5月下旬忧愤成疾。6月6日，袁世凯因尿毒症不治而病逝，时年57岁。
袁世凯的死意味着北洋政权的交接。而任何政权交接背后，都有一部确凿无疑的法统。对于北洋政权而言，这个“法”就是1914年制定的被后人称为《袁氏记法》的“约法”；而这个“统”就是大总统袁世凯死后副总统黎元洪继位的序列。
北洋高层至少对袁世凯还维持着表面上的尊重。因此，他的遗嘱也是处理政权交接的重要依据。然而，就在他死后的第二天，也就是6月7日，副总统黎元洪的接班文告中，就用了“继任”而非“代理”的字眼，显然所依据的基本法文本是《民国临时约法》而非《袁氏记法》。此时的国务卿段祺瑞倒也没有提出明确反对。
其后，全国各派各处政治力量，甚至包括北洋最具威望的地方实力派冯国璋，都要求恢复《民国临时约法》为基础的法统。而西南系的护国军方面，则更要求惩办那些袁世凯的亲信，并冠之以“帝制祸首”的罪名。
至六月底，距袁氏死后不足一月，黎、段便陆续下达政府令，除了一些人事上的安排，其要旨就是恢复《民国临时约法》，并撤销了袁世凯亲自设立的统率办事处和政事堂，还下令通缉那些所谓的“帝制祸首”。
也就是说，袁世凯死后仅仅一个月，他一生缔造的所有政治遗产，都烟消云散了。就国体、政体、法律、机构、人事，从各方面的建制来看，袁世凯都没给后人留下一丁点建设性积累。除了后来那个隆重的葬礼和国民还在使用的银元上的侧面头像，似乎他从未出现在现实和历史中。
由于袁世凯去世前三个月已经废止自己设立了83天的帝制，因此去世之前其政治身份还是中华民国大总统。他去世的当天，段祺瑞以国务院名义，向全国发布文告，略曰：“袁大总统于本月六日巳正因病薨逝。业经遗令，尊《约法》二十九条，宣告以副总统黎元洪代行中华民国之职权。”所谓“《约法》二十九条”，指的是1914年袁世凯的新创基本法，其二十九条是：“大总统因故去职或不能视事时，副总统代行其职权”。
段这段话连标点符号不过短短50个字，却惹来了数不清的问题。
凭什么袁世凯创设的《袁氏记法》还在使用？按照西南系护国军的观点，此时袁世凯已经是叛国贼，而他叛国的起点，即是改变民国法统，其具体行为，就是创设《袁氏记法》而废止《民国临时约法》。所以，袁世凯必须否定，《民国临时约法》必须恢复。所以，南北双方，即北洋政府和护国军政府仅仅在一点上达成共识：接下来的总统由黎元洪当了。
各党各派纷纷对于时局提出自己的主张，归纳起来无非是恢复以《民国临时约法》为基础的法统，并且惩治所谓的“帝制祸首”。对于来势汹汹的各种要求，北洋政府内部非常奇特地保持集体静默。这是因为北洋系在中央的政客，之前为袁世凯亲信，而今却沦为“帝制余孽”，戴罪之身当然不敢乱说乱动。至于作为督理某省军务的将军而分散在各地的北洋系军人们，原本就没什么政治主张，对于时局一时间难以臧否。而且，既然北洋系中地位次高者冯国璋也于15日致电黎元洪请恢复《民国临时约法》，续行召集国会，那么各省将军就更不能发表什么其他意见了。
但此时的张勋有与众不同的立场。在袁去世的前夕即5月30日，冯国璋召集各省北洋系将军于南京开会，讨论袁氏及其政府的进退出处。会议无疾而终，不欢而散。但应张勋要求，南京会议的部分代表复于徐州集会。这次会议提出了十条纲要，主要是要求保全袁家属生命财产及袁氏身后一切荣誉。这个十条纲要，可谓是说出了北洋系地方实力派的心声。此次徐州会议，也成为今后一年内操控乃至左右政局的“督军团”的滥觞。
不过，无论是野心勃勃的冯国璋，还是诡异狡黠的张勋，都没料到，段祺瑞和黎元洪一场细腻绵密的人事安排，正在悄然策划推行，一张张名单，正在两个人手中频繁往还，反复揣摩，包括内阁成员人选，各地军政负责人的确定以及一些体制上的变革。10日，黎当上大总统才三天，就裁撤陆海军大元帅统率办事处，将其职权交还陆军、海军、参谋等部，这应该是段祺瑞最注重和欣慰的事，这样，他这个陆军部长才是真正的全国军事领袖。
即使在北洋系内部，冯国璋就根本不关心袁世凯的历史地位，反而致电段祺瑞，逼迫他承认《临时约法》。这样倒是简单了。于是，段突然爽快地在六月底宣布全面恢复国会和《临时约法》。
全国喜气洋洋，所有人都认为自己是赢家，而最大的赢家，其实是段祺瑞。至此，段祺瑞成为1916年至1920年北洋政府的实际掌权者。
首先，他已经在事实上成为北洋系新的领袖。当然，冯国璋的资历、地位同他不相伯仲，但人在南京，虽然可以直接控制长江中下游，但毕竟离政治中枢北京还相当之远。
其次，虽然黎元洪是大总统，但“责任内阁制”的威权出自院部。从理论上来说，国务总理（及各部总长）须大总统任命，并应接受国会的质询和弹劾。《临时约法》中，段祺瑞所受的限制，也仅止于此了。
最后，在总统和国会的角逐较量中，互相制衡，互相伤害，而段祺瑞可以上下其手，纵横捭阖。
不过，袁世凯的离去也彻底揭开了军阀割据时代。北洋派内部分裂为直皖两大系，同时奉系在东北崛起 。皖系军阀段祺瑞以国务总理身份把持北京政府实权，但他不能缓和北洋派与其他派别以及北洋派内部的矛盾 。南方有护法运动，北方有直、奉两系的迅速扩张，最终1920年7月直皖战争的爆发，导致皖系军阀统治结束 ，段祺瑞也彻底退出了历史舞台。
