日本幕府时代实际上的最高统治者是以征夷大将军为首的幕府，以天皇为首的朝廷只是摆设。但不是所有天皇（或上皇）都甘心当幕府的傀儡，有些天皇（或上皇）也曾经起兵反抗幕府。日本给天皇（或上皇）起兵反抗幕府的行动起了一个哭笑不得的名字——“御谋反”。
有意思的是，日本天皇的“御谋反”基本发生在镰仓幕府时期，比如承久之乱、元弘之乱。而室町幕府和江户幕府时期几乎没有发生过天皇“御谋反”，直到江户幕府末年的倒幕战争开始。既然都是日本天皇，那么室町幕府和江户幕府时期的日本天皇为什么没有“御谋反”呢？
后世虽然将镰仓幕府、室町幕府、江户幕府笼统地归为一类，但这三个幕府与天皇的关系是有区别的。镰仓幕府的初代将军源赖朝通过向各个庄园派驻地头和分配全国领地的模式获得了全日本的最高统治权，以此建立了“恩赏奉公制”。但源赖朝并没有没收朝廷的领地庄园。
因此天皇在镰仓幕府初期依然还拥有一定数量的领地，拥有一定程度的实权，甚至拥有一定数量的武装力量。此时的天皇并不是被幕府控制的傀儡，而更像是被镰仓幕府压制的地方割据政权。镰仓幕府发生内乱后，自以为时机已到的后鸟羽上皇起兵倒幕，史称“承久之乱”。
“承久之乱”是日本历史上第一次天皇“御谋反”，最终被镰仓幕府快速平定。镰仓幕府在平乱之后将包括后鸟羽上皇在内的三个上皇流放，废除了刚刚继位的仲恭天皇，杀死了大批参加“承久之乱”的公卿，没收了他们的领地。但镰仓幕府没有没收天皇朝廷的全部领地（御料地）。
因此天皇在“承久之乱”后虽然实力已经不能单独抗衡镰仓幕府了，但还是具有起兵造反能力的。镰仓幕府的统治基石“恩赏奉公制”在抗元战争后逐渐崩溃，对幕府不满的武士集团越来越多。于是后醍醐天皇趁机发动了日本历史上不成功而又最成功的“御谋反”——“元弘之乱”。
“元弘之乱”将倒幕的星火散播到日本各地，引发的全日本倒幕风潮最终灭亡了镰仓幕府，后醍醐天皇也成为日本幕府时期唯一实际统治全日本的天皇。可是后醍醐天皇掌权后推行损害武士阶层的“建武新政”，引起了全日本武士的普遍不满，大批武士聚集到了足利尊氏麾下。
建武二年（1335年），攻入京都的足利尊氏逼迫后醍醐天皇退位，拥立光明天皇登基。建武三年（1336年），后醍醐天皇逃往京都以南的吉野并重新登基，日本历史上至今进入南北两个天皇并立的南北朝时代。足利尊氏则被光明天皇封为征夷大将军，在京都建立室町幕府。
在南北朝对立的几十年里，室町幕府对南朝军事征讨，对北朝重新分配，大幅削弱了天皇朝廷的实力。明德三年（1392年），室町幕府控制的北朝吞并了南朝，北朝天皇“持明院统”更是在统一后依靠室町幕府的支持垄断了天皇位，日本现在的天皇德仁也是“持明院统”之后。
北朝是室町幕府建立的，“持明院统”又是靠室町幕府世袭垄断了天皇之位，天皇朝廷的实力又在南北朝对立期间大幅削弱。因此室町幕府时期的天皇公卿虽然还拥有少量领地，保持了财政独立性，但其已经没有实力发动“御谋反”了。直到室町幕府灭亡，天皇都没有“御谋反”。
室町幕府后期爆发了“应仁之乱”，日本进入了战国时代。而天皇公卿仅有的少量领地都被战国时代的武士抢走了，大批公卿逃到京都之外去要饭。留在京都的天皇和公卿则是有上顿没下顿，宫中的女官甚至要靠卖淫糊口。天皇此时连饭都吃不上了，自然不可能“御谋反”了。
永禄十一年（1568年），上洛的织田信长送给天皇大批财物，天皇这才摆脱了卖身糊口的窘境。但“第六天魔王”可不是慈善家，他虽然时不时送给天皇大批财物，但不给天皇的领地。丰臣秀吉更进一步，将整个朝廷的饭碗都握在武士政权手中，天皇彻底失去了经济独立性。
德川家康则将织田信长和丰臣秀吉的做法制度化，天皇和公卿的主要经济来源就是江户幕府每年给予的十万石（后增至二十万石）。而天皇的其他经济来源都被江户幕府切断，天皇的言行也要受到江户幕府《禁中并公家诸法度》的限制，算是消灭了天皇“御谋反”的可能性。
综合来讲，镰仓幕府时期的天皇是拥有自己的领地乃至武装的地方政权，自然就有发动“御谋反”的实力。而室町幕府到江户幕府时期的日本天皇逐渐失去了所有领地，从地方政权彻底变为幕府的傀儡，自然也就不可能发动“御谋反”了。
