孙兴祖是明朝的开国功臣，同朱元璋是老乡都是濠州人，也就是今天的安徽凤阳人，所以他很早就跑去投靠朱元璋了，并跟着他一起南征北战，在攻克和州、南渡长江等战役中，都能够看到他的身影。
紧接着，孙兴祖又跟着大部队攻克宣城、宜兴、马驮沙、婺州、越州、舒州、池州等，在至关重要的龙湾伏击战中，孙兴祖的发挥尤其出色，率军大破瑞昌八阵营，并进攻南昌，一路高升至天策卫指挥使。
孙兴祖是一个比较沉稳的将领，打战有智谋，沉着冷静，深受大将军徐达的器重，跟着他去攻克泰州，然后奉命守卫海陵。海陵是张士诚军队入淮的军事要地，战略地位十分重要，孙兴祖到任后，在这里整修军令，积极训练士兵，做好充分的防守准备。在此期间，他曾经击败来犯的张士诚军，擒获彭元帅，升任为大都督府副使。
建国后，孙兴祖又跟着徐达大将军一起北伐元朝，两人分路征讨，在东昌会师后，一起攻克元大都。徐达在京都附近的燕山设置了六卫，留下来三万士卒在这里，并让孙兴祖和华云龙在这里留守。
第二年，大明功臣庙修建完成，朱元璋下令对诸位功臣的功劳进行一个简单的排序，其中以徐达为首，常遇春第二、李文忠第三、邓愈第四、汤和第五、沐英第六、胡大海第七、冯国用第八、赵德胜第九、耿再成第十、华高第十一、丁德兴第十二、俞通海第十三、张德胜第十四、吴良第十五、吴祯第十六、曹良臣第十七、康茂才第十八、吴复第十九、茅成第二十、孙兴祖第二十一，也就是位列功臣庙的倒数第一位。
到了洪武三年五月份的时候，孙兴祖带着燕山六卫的数万人马，跟着徐达大将军一起出塞作战，行军到了三不剌川的时候，不幸遭遇了元军的袭击，孙兴祖奋力作战，但依旧为难脱险，直接殒命疆场，为国捐躯了，年仅三十五岁。
朱元璋闻讯后为之惋惜不已，亲自赶往北平进行祭奠，并将其追封为燕山侯，配享通州常遇春祠。到了同年九月份的时候，因为张德胜的养子汪兴祖上奏朝廷，朱元璋看到“兴祖”这两个字不免想到了已经死去的孙兴祖，又感伤一番，下令扔以孙兴祖的俸禄发放给他的家人！
