从谢安去世的太元十年到太元十五年，是司马曜、司马道子兄弟合作多于分歧、矛盾逐渐堆积的时期。
在此期间，无论是中央还是地方的人事安排，都让人眼花缭乱，而每一步也都是司马曜巩固皇权、平衡门阀利益的结果。
扬州，自谢安死后就由司马道子接任；荆州的桓石民在谢安去世前一年，接任其叔桓冲职务，太元十四年桓石民去世，司马曜即任命王忱为荆州刺史，至此桓氏家族失去了最后一座方镇；徐州地区在太元十二年谢玄离职以后，即由司马道子遥领；豫州刺史一职，到太元十五年由庾楷接任；江州刺史一职，自桓伊于太元十五年去世，即以王羲之的儿子王凝之（才女谢道韫的丈夫）担任；兖州刺史一职，自太元十二年谢玄离职以后，就由朱序接任，不久又由谯王司马恬担任，三年后，谯王司马恬去世，司马曜即以皇后之兄王恭担任兖州刺史；太元十年，孝武帝司马曜在襄阳又设立了雍州，以杨俭期的父亲杨亮为雍州刺史，太元十三年四月，加朱序为都督雍州、梁州、沔中九郡诸军事，雍州刺史，并让其镇守洛阳；益州刺史，则由桓温故吏罗友，于太元十年从广州刺史任上改任，太元十五年又改由郭铨继任；在此期间，宁州刺史由费统担任，广州刺史则由孔愉的儿子孔汪担任；会稽内史一职，在谢玄去世以后，即由谢安之子谢琰继任，太元十六年（公元391年），谢琰又被升为尚书右仆射、太子詹事。
这就是在此期间东晋的主要方镇大员。
在这些方镇中，当然还是徐州、兖州、豫州、江州、荆州主官的变动比较引人注目。
兖州、徐州的北府兵在谢玄离职以后，被一分为二，徐州由司马道子遥领，而兖州则在朱序短暂过渡以后，由司马恬统率，驻节京口。无论是中枢宰辅司马道子，还是兖州刺史司马恬，均对因淝水之战的胜利而北移至淮河两岸的北府旧将及其部曲们鞭长莫及。这些北府旧将和部曲们团结在龙骧将军刘牢之的周围，并通过刘牢之与陈郡谢氏相联系。刘牢之因五桥泽之败被免职后被任命为龙骧将军，镇守淮阴，继而朝廷让其率部北屯彭城，领彭城太守。
太元十五年司马恬去世，孝武帝司马曜任命王恭为都督兖青冀幽并徐六州诸军事、平北将军、兖青二州刺史、假节，镇守京口。王恭此次任免是在他的对头王忱担任荆州刺史八个月之后。这反映了司马曜、司马道子兄弟矛盾的进一步加剧，也是司马曜暗中裁制司马道子的措施之一。
在此任命发出之前，司马曜曾向太子左卫率王雅征求意见。司马曜说∶“我想提拔王恭和殷仲堪二人，你看如何?”
殷仲堪，出自陈郡殷氏，是太常殷融的孙子，原扬州刺史殷浩的侄儿。殷仲堪与他的叔叔殷浩一样能清谈，曾说过“三天不读《道德经》，就感觉舌头僵硬”的话，后被谢玄拜为长史，领晋陵太守。殷仲堪的父亲殷师患病多年，殷仲堪衣不解带，亲自研究医术。由于过于用功，以致将一只眼睛熬瞎。殷师得了一个奇怪的病症，听到床下的蚂蚁走动，就像听到牛在打斗一样。司马曜听过此事，但不知发生在何人身上。有一次，他问殷仲堪，殷仲堪流着眼泪站起来回答∶“臣进退维谷。”司马曜了解实情后很不好意思，后来，司马曜又任命殷仲堪为黄门侍郎，使之成为自己的心腹。
听了司马曜的问话，王雅回答∶“王恭气质高贵，严肃正直；仲堪注重细节，以文章闻名。然而，两人均心胸狭窄，并且没有多少治军才能。如果让两人作为一方大员，天下无事的话，尚能称职，一旦天下有事，二人必定会成为灾祸的根源。”司马曜不听。
因为，此时的司马曜需要的是能够制约弟弟司马道子的人，而王恭则经常当面痛斥司马道子的种种不当行为。淮陵内史虞眺的妻子裴氏修炼药物、祈求成仙的道术。司马道子非常喜欢此妇人，常令裴氏与大臣们一起谈论，众人对其都施礼降节，唯独王恭说∶“我从未听说过宰相举办的会议上有妇人在座。”一座无不尴尬惊愕，司马道子听了，心里也十分羞愧。
在孝武帝司马曜看来，京师近郊的京口让王恭这样的人镇守，是再合适不过的了。
以前，徐兖刺史往往带有“北”字军号，总有不祥之事，所以，桓冲、王坦之、刁彝等人都不受镇北军号。王恭对此也十分忌讳，上表辞让平北将军军号，孝武帝改任其为前将军。再说荆州刺史王忱。
王忱担任荆州刺史之前就已经与王恭交恶，不过，王忱此人却极具名士风度。这样一个风雅之人，到荆州以后，却自恃才高，行为放荡，朝中群臣对他能否治理好荆州都心存疑虑。然而，王忱虽然风流，内心却并不糊涂，他十分清楚，在荆州最需要警惕的就是此地盘根错节的桓氏家族，而此时桓氏家族的族长是年满二十岁，桓温最小的儿子桓玄。
王忱到荆州以后，史载“威风肃然，甚得物和”。尤其是对桓玄，王忱更是每每予以压制。一次，桓玄去拜见王忱，值班的人前去通报未归，桓玄就破门而入。王忱大怒，当着桓玄的面，下令鞭打看门人，弄得桓玄很没面子，一怒之下掉头就走，王忱也不挽留。还有一次，某月月初，王忱大摆仪仗接见客人，桓玄称要出城打猎，暂借数百兵士，王忱如数借给。自此，桓玄对王忱开始敬畏服气。
王忱在荆州刺史任上干了三年零三个月，到太元十七年十月，就因病去世了。王忱死后，被追赠为右将军，而随着他的去世，荆州刺史一职立即成为东晋朝野共同关注的焦点。
可以说，王忱的死，给了司马曜一个夺回荆州的良机，而与此同时，雍州刺史朱序的辞职，也为司马曜掌握大荆州地区铺平了道路。
朱序身为雍州刺史镇守襄阳时，曾多次上表，以年老多病为由提出辞职。但是当时，孝武帝还需要他统御黄河以南的军队，为帝国镇抚边境，因此一直都没有批准，甚至还专门下诏拒绝接受朱序的上表。就在王忱去世的当月，朱序擅自离开驻地，回到了建康，于是，孝武帝顺理成章任命了自己的亲信、太子右卫帅郗恢接替朱序为雍州刺史，镇守襄阳，为下一步安排荆州刺史人选做好了准备工作。
对于荆州这一要地，司马曜认为王恭是荆州刺史最合适的人选。王恭以国舅之尊驻节上游，司马曜当然可以高枕无忧。而司马道子则想让自己的心腹王国宝担任。
当然，除了主相二人分别垂青的王恭和王国宝二人之外，琅邪王氏的王珣对荆州刺史一职也垂涎欲滴。王珣与殷仲堪、徐邈、郗恢、王恭等人，都因才学为孝武帝所宠幸。在孝武帝与司马道子之间，王珣是站在孝武帝一边的。在王珣看来，自己门第、名望皆出众，又是桓氏的旧吏，由自己出任荆州刺史，便于安抚主导荆州的桓氏旧部，因此是再合适不过的。当时，虽然孝武帝一直对桓氏采取排斥的态度，但桓氏在荆州地区乃至中央也都有很大的影响力。
一直以来，孝武帝对他们父子二人在桓温生前所经历的那段担惊受怕的日子，都难以释怀。可是，反过来说，如果没有桓温废黜海西公，也就没有简文帝、孝武帝父子的今天，但是如果公开宣称桓温篡逆，也就等于是说自己和自己的父亲帝位来源并不合法。因此，孝武帝虽然对桓氏家族心怀不满，但又不可能彻底废黜桓氏。于是，他对桓氏家族采取了实际压制、表面上不予理会的策略。不公开宣布桓温为逆臣，但对桓氏处处戒备。这从他任命桓温的仇族庾楷兄弟为豫州刺史，借以限制桓氏向下游发展，以及任命阻碍桓温篡位最得力的王坦之子王忱为荆州刺史两点上，就可以看得出来。在这种表面不理、实际打压的策略之下，孝武帝是不会任命与桓氏家族有故谊的王珣去做荆州刺史的。于是，朝中就有传言称，王恭很快就会转任荆州刺史了。
孝武帝最终将荆州刺史的人选圈定到了一个资望很浅的人————殷仲堪身上。同时，司马道子不愿意失去荆州地盘，正在运作以王国宝接替其弟王忱，孝武帝听说以后，不经过吏部一系列考核、推荐程序，即迫不及待地直接任命了殷仲堪。由此可见，当时的情势非常紧张，司马曜与道子之间的斗争也十分激烈。
太元十七年（公元392年）十一月，东晋朝廷正式以殷仲堪为都督荆、益、宁三州诸军事，振威将军，荆州刺史，假节，镇守江陵。殷仲堪是殷浩的侄儿，他与王忱一样，上一辈同属于桓温打压的对象。任用殷仲堪，不仅体现了孝武帝为从司马道子手中夺回荆州作出的努力，也显示了孝武帝继续防范荆州桓氏残余势力的意图。
殷仲堪为人廉洁、生活简朴，在担任荆州刺史时，境内连年发生水旱灾害。殷仲堪吃饭的时候，菜肴很少，饭粒落到桌子上，也总要仔细地捡拾起来吃掉。
殷仲堪名声虽好，但他喜欢给人小恩小惠，以致荆州上下级之间没有多少规矩。另外，让孝武帝意想不到的是，殷仲堪与他的前任王忱不同，他内心胆怯，性格温和。抵达荆州以后，他对桓玄又敬又怕，还主动与之交好。
由于殷仲堪的儒弱和桓玄的强势，荆州官民畏惧桓玄胜过畏惧殷仲堪。总体看来，太元十七年是孝武帝司马曜与弟弟司马道子斗争激烈同时又取得胜利的一年。司马曜刚任命了殷仲堪，紧接着就将司马道子由琅邪王改封为会稽王，而封自己的二儿子司马德文为琅邪王。东晋时期，很多皇帝都出自琅邪王，琅邪王的地位几乎相当于皇位继承人。孝武帝将弟弟司马道子改封为会稽王，实际上是一种贬黜。
此时，在孝武帝看来，襄阳有郗恢，荆州有殷仲堪，京口有王恭，朝中有王珣、王雅，司马道子的中枢之权也就没有多少腾挪的余地了。
