这里所说的驻卫军屯是指明朝最主要也是最著名的军事制度，也就是卫所制。卫所制度的最初构想来自隋唐时代的府兵制。朱元璋统一全国后，采纳刘基建议，立军卫法，在全国建立卫所，控扼要害。明代一卫所下辖五个千户所，一个千户底下有十个百户，百户下又有两个总旗，总旗下又有五个小旗。这是卫所的基本结构，呈金字塔结构。洪武二十六年(1393)，定全国都司、卫所，共设都司17个、行都司3个、留守司1个、内外卫329个、守御千户所65个。兵额最多时达270余万人。
明卫所分布图
明朝的卫所制有两个特点，一个是世袭制，另外一个是自给制。被编入卫所的士兵，他们的后代都属于卫籍，世世代代都无法脱离这个身份。卫所军及官属军籍，携带家属，世居一地，并代代相传，基本上不再变动。每一卫所的驻地固定，军士数额固定，将官设置亦有定例。总之，卫所制下权力分散，兵将分离。朱元璋是农民出身，深知百姓被剥削之苦，卫所的军费都由军屯提供，不从国家税收中拨款。在屯田废坏后，补以盐课及民运，后亦部分取之于京运年例。
明朝的卫所除了军事职能之外，还具有行政管理职能，明朝的疆土主要分为军事和行政两个系统管理，而卫所制度除了具有军事职能外，还具有行政职能，所以它更像我们现在的生产建设兵团，具有独立的行政职能，管辖的是军队，还有普通民众。
明朝的卫所制度有其开创性的地方，在王朝初期对于经济恢复、军队能力建设、缓解耕需矛盾、稳定安置部队起了一定的积极作用。各个卫所不仅能够自给自足，有的甚至还有盈余，比如边荒之地延绥镇“粮草数至盈十万”。明朝前期都被用来投放在大规模的战争中，比如永乐时期六次北征、三次攻打安南、向西北地区进兵，部队规模动辄数十万，都有大量的卫所部队在其中。
但这样的制度之下，大部分卫所军队未曾接受过军事训练或者训练强度不足，而且由于军士服役终生、且中下层军官大多世袭，部队老幼化严重、上升空间窄小，作战能力极为低下，充其量只能维护地方治安。随着历史进程的变化，卫所制的管理僵化、兵员补充不足、将官世袭而造成的能力低下，使得卫所制成为明王朝军队建设的痼疾，尤其明代中后期海防的松弛致使长期被倭寇滋扰，九边重镇的屡次失陷，都离不开卫所制度下跟不上时代发展导致的士兵战斗力下降带来的恶性循环。这也促使明朝的军制必须进一步演变进化。
