自闭症儿童学习困难的病因学非常复杂，主要可以归因为认知功能障碍和功能正常发挥问题，具体包括以下几方面因素：
1、遗传因素
遗传因素是自闭症儿童智力发展的重要影响因素。由于DNA复制时所具有的特异性与保守性，致使遗传基因在后代的生理、心理和行为的发展过程中起着非常关键的作用。临床流行病学调查发现，学习障碍的发生有明显的家族聚集性。相关研究表明，多种学习障碍的发生和一些基因密切相关。
2、早产及足月低体重
早期发育史是影响自闭症儿童日后学习潜能发挥的一个重要因素。一些研究人员对早产和足月低出生体重儿进行了追踪调查，发现早产和足月低出生体重儿在注意力、语言表达和运动协调能力等方面都不如正常孩子，同时多动指数也较高。这可能是由于这些孩子在生理和神经心理方面的脆弱性，导致对后天的不利因素更具易感性，缺乏耐受，造成学习困难。
3、生理晚熟
国内外许多研究表明，生理上的晚熟是导致儿童学习困难的重要原因。在进入学龄期的自闭症儿童中，一些人的生理条件还没完全成熟，适应能力相对较差，较易发生学习困难，可能导致情绪和行为问题的产生，形成恶性循环。
4、脑损伤
脑损伤不一定都会导致学习困难，但是一些儿童学习困难可能与脑外伤、大脑中枢神经系统结构异常或功能失调有关。研究人员认为，自闭症儿童学习障碍的一个重要原因是围生期的轻度脑损伤，还与诸如脑外伤史、产伤、生后窒息史、新生儿胆红素脑病、某些传染病和血铅水平过高等有关。
5、其他因素
研究发现，有阅读障碍的儿童大脑半球多存在异位性白质或者对称性改变等异常。此外，成长过程中微量元素摄入、学习环境、对教学方法的适应性以及家庭学习环境等也可能是自闭症儿童学习障碍的原因。
