康熙22年六月十四日，载着两万多人的200多条清军战船，从福建南部的东山县出发，目标直指明郑势力所占领的台湾岛，清军代表中原王朝，为消灭郑氏台湾政权所发动的澎湖海战终于爆发。公元1683年7月16日，清军在初战小挫之后，抓住时机，集中所有兵力向郑军发起总攻，清军舰队兵分三路，分别在东西两个方向进行佯动牵制，在以主力部队以五船围攻一船，逐个击破，郑军全面崩溃，最终清军以伤亡2100余人，无一船损失的代价，歼灭郑军全部主力大获全胜，九月，清军在台湾登陆，郑军残部投降，剃发易服，十月初，郑式王朝宣告灭亡，台湾由此被并入了大清的版图。
海峡两岸重归统一，这可以算是台湾的第二次回归。那个时候的台湾一直以来就是落后之地，对于大清朝来说并没有多大价值，初衷也并不是为了实现国家领土统一，真正促使清朝决定解决的是明郑势力，早在清朝入关之初，由于忙于统一战争，无暇顾及台湾，随着清朝逐渐实现了对中国大部分领土的控制，得以站稳脚跟，集中精力对付正式集团，在福建，广东沿海一带双方连年征战，生灵涂炭。
1661年，明郑势力节节败退，逐渐被驱逐出去，困守厦门的郑成功为取得另外的根据地，以解决数万大军的给养问题，被迫向盘踞台湾的荷兰侵略军发起进攻，成功收复了沦陷38年的台湾，并开始了明郑政权对台湾的统治，并开始不断侵扰广东，福建沿海一带，考虑到台湾的明郑势力不断侵袭东南海，严重影响了清朝东南赋税之地的稳定，以及台湾的郑氏被认为是明朝正统，是反清复明的最后基地，不利于大清朝的巩固和统一，清军入关之后，一直想要成为正统的中原王朝代表中国，而明郑台湾则是阻碍清朝成为正统的最后一股力量，因此，清朝夺取台湾势在必行，关于如何解决问题，清政府在是和是战上也是一直犹豫不决，前期清朝方面多次派代表与明郑势力进行和谈。
1662年郑成功在收台湾后的第二年病逝，长子郑经继位，早在那个时候，清政府便派人前往厦门，试图招抚郑经，此时的政经刚刚即位在明郑势力内，尚未站稳脚跟，为了从清政府那边拖延时间，郑经阳奉阴为，虚以应付，等到第二年郑经得势，清政府再次派人商讨和谈事宜的时候，郑经却提出各种理由拒绝。1667年，清廷又两次派人渡海招抚郑经，但仍被郑经以同样理由拒绝，招抚失败，这个时候，康熙意识到，武力统台势在必行，只是时间问题罢了。
随着1673年分封云南，广东和福建的三个藩王吴三桂，尚可喜，耿精忠发动叛乱，三藩之乱爆发，清庭一时间无暇顾及台湾问题被暂时搁置。直到1681年，平定三藩，清朝的统治更加稳固，台湾事宜再次被提上日程。同年，郑经中风而死，郑式政权在台湾内部发生矛盾，人心逐渐发生动摇，甚至有人愿意给清朝当内应。时任福建总督的姚启圣打算趁势进攻，并向康熙推荐了一个重量级的人物，海霹雳施琅，他是收复的关键人物。施琅因故得罪了郑成功，父兄尽皆遇害，投降清廷，在攻取台湾作战中，他担任福建水师提督，也是前线军事指挥官统辖数万水师官兵，这个人极具军事天赋，尤其善于海战，对台湾的军事部署了如指掌。在攻下台湾之后，被康熙封为靖海侯，留在台湾治理地方。
后来清廷为是否把台湾纳入版图产生争议，有大臣主张放弃。但施琅力排众议，最终说康熙将台湾并入版图。现如今台湾问题再次成为焦点，古往今来的历史经验告诉我们，台风不足惧，海峡不足畏，但要想真正把台湾给收复，还是需要靠用正治上的智慧，来解决这一问题，希望祖国早日统一。
