当年1901年9月19日慈禧太后和光绪帝一行紧接着来到龙门，游览了龙门涌珠泉、宾阳洞等。根据法国友人提供的清末时期的龙门照片，龙门石窟经过千年的自然浸蚀和人为损坏，早已面目全非，虽经文悌简单的整修，仍然荒芜寂寥，卢舍那大佛脸面有一条深痕，佛前的那些台阶也大都高低不平。直到20世纪70年代以后，几经整修才方便游客的参观。后来经过集中整治，2000年11月30日，洛阳龙门石窟被国际教科文组织评为世界文化遗产，并成为国家5A级旅游景区。
在龙门古阳洞，慈禧太后下旨整修了古阳洞中的一尊佛像。古阳洞位于龙门西山南部，隋唐时期扩凿而成，进深11.55米，宽6.90米，高11.10米。洞中的主佛释迦牟尼像由于多次遭到毁坏而面目全非。慈禧太后下旨将佛像整修成老君像，古阳洞也称“老君洞”。
慈禧太后为什么要把这尊佛像整修成太上老君？光绪初年，慈禧太后被尊称为“老佛爷”。在“庚子事变”慈禧太后西逃西安期间，为了排解胸中郁闷，她多次到西安的八仙宫烧香。八仙宫是道观，里面供奉的是太上老君。慈禧太后请道长讲解道家真谛，慢慢的就喜欢上了道教，对太上老君非常崇敬。据说，当她看到龙门古阳洞中那尊佛像被毁得面目全非时，就想在佛教的石窟里增添一尊太上老君的像以示尊崇。这就是为什么后来古阳洞也称为“老君洞”的缘故。由于当时太上老君的像是用泥塑彩绘而成，到20世纪50年代时多有损坏，因此在龙门整修时，又将老君像恢复成原样。原龙门研究所所长刘景龙保存了一张当时河南府按慈禧太后懿旨将佛像改修成的老君像。此事《洛阳市志》上也有记载。
中午，慈禧太后一行在西山奉先寺前用膳，午膳是御厨制作后送来的。午膳后过伊水浮桥，赏伊阙美景，游香山寺，登白居易“九老诗社”故地。香山寺和白园相连在龙门东山，与西山石窟隔河相望。香山寺始建于北魏熙平元年（516年），天授元年（690年）武则天在洛阳称帝，梁王武三思奏请敕名“香山寺”并重修该寺。当时香山寺飞阁凌云，巍巍壮观，武则天常御驾游幸，并留下了“香山赋诗夺锦袍”的佳话。
十九日晚，慈禧太后和光绪帝一行驻晔龙门，当时龙门驿已经破败，慈禧太后和光绪帝住在了龙门东山脚下临时搭建的中帐。
有传说，慈禧太后和光绪帝游龙门险些遇刺。洛阳伊川人王鼎三写了一部长篇小说《洛阳风云》，其中描写慈禧太后回銮时路过洛阳，在游龙门时险些遇刺，狼狈离开。不管是传说还是小说，当时在龙门确实有人乘机捣乱，不过慈禧太后和光绪帝有惊无险。
清末时，清政府控制国家的能力已经大大减弱，全国各地各种帮会群团的暴力行为以及革命党人的活动四起，洛阳伊川等地土匪活动比较猖獗。伊河东边彭婆有个四五十岁的土匪叫张黑子，打家劫舍，经常与官府为敌，知府文悌曾经命令捕快多次捉拿都没有捉到，张黑子越闹动静越大。伊河西庠的鸣皋也有一个土匪叫王天纵，本来是个局勇，因与地方豪绅闹了矛盾，永人放火之后到南山落草为寇，拉起了土匪杆子，公然对抗官府。当时两股工匪听说慈禧太后要来龙门，联合起来并公然打出“反抗清朝”的大旗。有人说他们是反清义士，官府说他们是叛逆贼寇。文悌曾经派团总朱至贵多次到伊川一带围剿，终无所获。
十九日晚，一些对清政府和慈禧不满的革命党人、反清志士以及士匪联合起来准备闹事。为了保护两宫，慈禧太后和光绪帝随驾的卫队、洛阳绿营官兵和地方团总严阵以待。妄图起事的这伙乌合之众看到这种情况，知诸闹腾也不会有什么结果，但不肯善罢甘休，从后半夜开始，骚扰了大概三个多时辰，天快亮时这伙乌合之众四散。慈禧太后和光绪帝虽然受到惊吓但有惊无险。由于天黑，保护两宫的队伍里有个头目是个贝勒，因保护两宫意外骨折。
