康熙三十六年，随着五世达赖的去世，仓央嘉措成为了六世达赖。
但是当时的额鲁特拉藏汗觉得第巴桑结是在扶持傀儡和自己作对，于是就给朝廷说仓央嘉措行为不端，是个假的达赖，希望朝廷把他废除。康熙四十四年，拉藏汗杀了第巴桑结，本来这是个大事，但因为当初五世达赖去世的时候第巴桑结非但不上报，还和噶尔丹勾结和清廷对抗，于是也就很自然地偏向了拉藏汗这边，于是仓央嘉措就被拉藏汗抓起来押往北京。却没想到他在去北京的途中病死，一说是逃走，拉藏汗就和第巴隆素勾结立了益西加措为新一任的六世达赖，也就是说他们是不承认仓央嘉措的。但是这时候的西藏又不承认益西加措，认为这人才是假的达赖，双方就因为这件事陷入僵局。一直到康熙五十二年，朝廷册封五世班禅为班禅额尔德尼，赐金册金印，让他一起协助西藏事务。康熙五十六年，策妄阿拉布坦攻进西藏杀害了拉藏汗，益西加措被囚禁在吉颇热山。于是三大寺又立了一个嘎桑加措为新的达赖，并且他们觉得这才是真的达赖。但是当时的西藏已经是准噶尔的占领地了，他们一直到了康熙五十九年才在清军的护送下回到西藏，益西加措被护送回京城，一场真假达赖的争端才平息。
