1646年正月（顺治三年，隆武二年），南明隆武政权尚存有湖南、江西、云贵、四川、福建、两广等地，福建作为朝廷所在地本质上处于郑芝龙集团控制下，心存大志欲光复明室汉人山河的隆武帝朱聿键在此无法施展拳脚，三月初五因郑氏不愿出兵而大学士黄道周愤而自行招募杂兵三千“北伐”兵败被俘，拒不投降后身死南京，郑氏的掣肘之痛，清军的咄咄逼人让其产生了移跸江西的想法，一来是江西地处战略要冲，西接湖南，东连福建，还是广东的屏障，二来最关键的是一旦立足江西，不但可以对湖广总督何腾蛟这位少数手中仍然兵多饷足的将领进行有效节制，更能摆脱福建郑氏集团的“挟持”，达到统御全局的效果。
正月，朱聿键手敕身处湖南的湖广总督何腾蛟，命他“先遣精甲一万，迎朕湖东”（江西湖东道地区），何腾蛟之前曾在河南南阳为知县，后累至湖广巡抚，朱聿键登基前为唐王，藩地就在南阳，两人可以算是旧相识，称帝后何腾蛟立刻便被提升为湖广等七省军务总督，为此何腾蛟洋洋自得，对湖南地方官员吹道：“新上为南阳故人，鱼水之合，吾辈皆有缘也。”李自成在湖北被地主武装击杀的消息反手被他上疏说成自己组织团练的功劳，隆武帝信以为真加封定兴伯反而助长了他的嚣张气焰。上任后仅仅是利用隆武帝的信任在湖广独断专行，拥兵自重，全无报答之念，此番皇帝的命令让他如坐针毡，生怕一旦将来隆武帝坐稳江西将影响他在湖广的专断权力，为此磨磨蹭蹭未作明确行动。
郑芝龙
三月，清军大兵进逼浙江，同时并立的浙东鲁监国政权已名存实亡，清军同时派出使者到福建秘密接洽郑芝龙以期归顺，郑芝龙为图身家富贵应允降清。
四月，见何腾蛟仍无动静的朱聿键开始显出急切之情，派出太监杨守明、兵部职方司官员路太平前往长沙督促何腾蛟出兵江西“迎驾”，何腾蛟大耍滑头手段，同意派遣南安伯郝永忠率一万兵马经郴州入江西遂川县，张先壁率部经湖南攸县出江西永新，用左右两军作迎驾，私下里却叮嘱两将不可当真，不可进入江西。
五月十七日，郝永忠才领军从长沙出发，一路上走走停停，一度徘徊不前（后来九月才至江西，但此时隆武帝都已经凉了），张先碧部也在走到江西境前观望不动。（这几个月清军已经集中为数不多的军队开始猛攻江西要害赣州，而何腾蛟几个月故意不向皇帝派出使者汇报情况）
六月，清征南大将军博洛渡过钱塘江，已经暗降的郑芝龙命仙霞关守将施福(也即施天福）弃守天险撤回，接着郑芝龙谎报家乡安平遭海盗侵袭，上疏：“三观饷取之臣，臣取之海，海警则无家，非专救不可”。有所察觉的隆武帝回复道：“先生少迟，请与先生通行”。郑芝龙未作回复直接率军回安平。
隆武帝
七月，听闻清军占领浙东后隆武朝的许多官员知道迟早会进逼福建，届时身家富贵难保，开始暗中书信给清方拜表请降，七月二十五日御门上朝完毕，隆武帝命内臣捧出一个黄帕盖着的盘子，对着群臣说道：“朕本无利天下之心，为勋辅诸臣拥戴在位。朕布袍蔬食，晓夜焦劳，有何人君之乐？只是上为祖宗，下为百姓，汲汲皇皇，唯恐负诸臣拥戴之心。今观诸臣大非初意，昨关上主事搜得关中出关迎降书二百余封，今俱在此。朕不欲知其姓名，命锦衣卫检明封数，捧至午门前对众焚之。班中诸臣宜亦有之，朕俱不问。有之者当从此改心易虑；其本无者益宜矢志竭力，毋贰初衷。”信中鸟兽散的意味已经比较委婉地看得出来，但隆武帝仍然以宽仁的胸怀作最后的挽救，只是在清军的兵威下最后都成徒劳。
八月十三日，清军贝勒博洛、闽浙总督张存仁、巡抚佟国鼎率领满汉军队从衢州出发，向福建进军。十八日未遇抵抗便过了仙霞岭，军中还有先前投降的弘光朝重臣，年届六十的阮大铖，为了不失去立功机会，不顾其他官员规劝休息，顶着肿胀面目随军翻山越岭，甚至为体现身体强健争先登山，嘲笑身后爬山的年轻人不如他这六旬老儿，待到其他官员爬到岭上时，见他一动不动坐在大石头上，叫他也不回应，用马鞭拨其辫子也没反应，仔细一看才发现已经死了。随军的家人只好又是上岭、下岭，才找到一户居民家的门板用来将将收殓。因郑芝龙全线撤兵，博洛率清军得以于八月间轻取浦城，从容进入福建。
投降清前的李成栋
在此期间，何腾蛟的使者才姗姗来迟地觐见朱聿键，盛怒的隆武帝责问为何迎驾军队毫无动静，使者竟然“诡辞以对”。八月二十一日，深感形势危急的隆武帝从延平行在出发前往江西要冲赣州，此时他未知赣州已经处于清军兵威之下（九月十九被围，十月初四城破，大量官员为此殉国），郑芝龙并未作出任何护驾行动，在此情形下，隆武帝并无大量士卒护卫撤离，却带了大量书籍和宗室、随驾官员。得知清军迫近后又大惊狂奔，首辅大学士何吾驺因患有足疾又“坠马垂死”，只好从小路返回原籍广东。随行中甚至有“一骑而三人者”。
八月二十四日，清军由延平兵分两路，一路由博洛统帅，直取福州，一路由李成栋导引，追击隆武帝。
八月二十七日，一行人到达汀州（福建长汀），随行人员有忠诚伯周之藩、给事中熊伟及所带的五百多兵丁，隆武帝与随行人员到底该县时，“需役数千名，民逃不应命”。
何吾驺
八月二十八日，清军追至汀州，隆武帝、曾皇后、沈嫔、陈嫔于赵家塘被俘，周之藩、熊伟被杀。关于隆武帝的死因，史书上描写不一，清实录记载是“闻伪唐王朱聿钊（朱聿键）遁走汀州...我军奋击追赶，擒斩朱聿钊及伪阳曲王朱盛渡、西河王朱盛佺、松滋王朱演汉、西城王朱通简并伪官、伪伯等，抚定汀州...获伪玺九颗，马骡辎重无算。”江日升的《台湾外纪》则记录：”悉书隆武被执，送福州斩于市，百姓收群尸葬于罗汉岭。“总之，隆武帝是于八月二十八日被处死，隆武政权就此烟消云散。
九月十九日，清军贝勒博洛进入福州城，百姓四散，留下的只好剃发留辫，隆武朝的工部尚书郑瑄“跪泥沙中永日，贝勒不为礼，徐乃令之去”，对于这位隆武高官的投降，博洛没有正眼瞧过。礼部尚书曹学佺自缢而死。崇祯、隆武两朝大学士傅冠躲在门人江享龙家中，为了向清军献礼，江享龙同其子江养源竟然骗傅冠已被人告发，藏身不住，见傅冠要自杀，又阻止以免失去奖赏，最后竟然被绑着送到清军李成栋营中，作为天启二年的榜眼，傅冠有极高的威望，李成栋对他也毕恭毕敬，傅冠一口回绝了李成栋的劝降，声称：“吾乡无扣头宰相，但有断头宰相耳。”不久李成栋奉命入粤，傅冠被押送至汀州，十一月二十一日遇难。
