孙中山与黄兴，后人写历史往往将两人并称，有“孙氏理想，黄氏实行”的说法，承认他们为领导辛亥革命的“双元领袖”。但是自1927年南京国民政府建立后，黄兴却被人为地贬低，逐渐淡出了历史舞台，其内幕原因鲜为人知。
1913年3月20日, 国民党代理理事长宋教仁被袁世凯指使的刺客暗杀于上海, 在如何应对宋案的问题上, 黄兴与孙中山之间产生了严重分歧。黄兴主张按照法律程序解决, 认为“国民党的武力不足恃, 苟或发难, 必致大局糜烂”。孙中山则认为“总统指使暗杀, 则断非法律所能解决, 所能解决者只有武力”, 主张不计成败，发动“二次革命”，誓与袁世凯一决雌雄。
然而，因种种原因“二次革命”迅速失败,。孙中山认为失败的根源在于国民党员既不服从指挥，又不统一思想，并提出号召革命党人继续发动“第三次革命”。而黄兴认为“二次革命”时革命党拥兵数万据地数省尚且失败，如果此时和袁世凯硬拼，只能白白送掉热血青年的性命。因此，黄兴主张在革命时机未成熟前，应从长计议。李烈钧、陈炯明、柏文蔚等国民党高级将领均赞同黄兴的缓进主张。见黄兴提出不同意见，
孙中山见组织“第三次革命”不行，于是提出重新组党，主张解散国民党，重组中华革命党。黄兴则反对组织新党, 主张沿用国民党的名号加以整顿。
孙、黄二人都有各自的拥护支持者，孙中山固执己见，黄兴苦口相劝，一时皆自信极强，常常不欢而散。甚至为树立权威整顿人心，孙中山提出要严肃追究黄兴的个人的错误和责任。据说，当黄兴流亡到东京，第一次前去见孙中山时，即遭到后者的痛骂，二人关系无可奈何地出现了裂痕。
就在孙、黄这场争论中，陈其美毫无保留地站到了孙文一边。他四处奔走, 对不赞成加入中华革命党的同志大肆攻击。革命同志的相互倾轧让黄兴感到痛苦和难过。黄兴见一时难以说服孙文, 便不再与他争论下去。作为同盟会内具有崇高威望的三军主帅, 如今受到严厉指责, 同盟会的大多数军事骨干, 即所谓黄派军人, 如李烈钧、陈炯明、柏文蔚、熊克武等深为其抱不平。
最终，这场争论以黄兴顾全大局，悄悄离开日本，远走美国结局。
话虽如此, 黄兴在这场争论中还是受到了极大的伤害。1916年黄兴在上海去世前，唐绍仪曾去看望他，黄握着唐的手说:“中山负我！”
陈其美本人则于1916年5月18日被袁世凯指使的刺客暗杀于上海租界。
就在陈其美、黄兴辞世十年后，陈其美的三弟蒋介石异军突起，彻底改写了国民党的政治版图。
蒋介石在南京建立政权不久，根据自己的需要编造了“孙文—陈其美—蒋介石”的国民党正统史观。在蒋介石定调后，国民党的宣传机器及官方文人纷纷出来阐扬这种“正统史观”。此后，黄兴的地位自然一落千丈，被降为一般的“革命先进”。国民党执政期间没有建立任何纪念黄兴的设施，完全把他遗忘了。
抹去蒙在真相表面的灰尘，我们可以看到黄兴身上拥有许多优秀的美德，为人厚道，笃信“无我”，常说“名不必自我成，功不必自我立，其次亦功成而不居”。章太炎曾以“无公则无民国，有史必有斯人”予以高度评价。黄兴生前不争权力，不争名位, 但后人却有必要还他一个公道。
