主要的军阀通常属于因利益而结合成一体的各派，即各系、各集团，和结合成一体的政治派别几乎一样。但是各军阀集团之内的团结从松散的结合到紧密的组织上的统一，各不相同。
最松散的派系主要是为了参加者各自设想的利益而缔结的联盟。但私人交往和恩义的纽带也起作用，特别是在一些较强的派系中。主要的是各派系成员与派系领袖之间的关系，各派系成员之间的私人的、横向的联系可能很弱或不存在。
成员与领袖之间的私人纽带就是那些增加军阀军队内聚力的纽带：亲族关系，师生和保护人一被保护人关系，同省或同乡、友谊，学堂或学校的联系。
学者分类研究了皖、直、奉三个主要集团。
奉系在内部组织方面是最单纯、最强的，因为每个成员实际上都以强的联系而与派系的领袖相关联。相反，直系的结构非常复杂。它包括一大批军阀，涉及的关系多种多样，但大多是在弱的那一类。虽然正是关系的多样性增强了这种种关系，有利于巩固结合，但直系似乎比奉系更接近于地位相差不多的人的联盟。
皖系比其他两系都弱，因为拥有大部分兵力的指挥官们是以最弱的纽带而与其领袖联系。桂系和已经提到的三系不同，因为大部分时间它限于单一的一省；它基本上是广西的一个单一的政治军事组织，三个领袖非正式的承担不同的领导任务，并且令人惊奇地保持极高程度的团结。
袁世凯
对各系的简要研究，可以说明它们为什么终于表现出那样的差别。直系和皖系是以袁世凯北洋军的军官中建立起来的关系为基础。袁在其部下中培植各种私人恩义以保证军队的团结和忠诚，他的追随者对他们自己的部下也这样办。只要袁还活着，北洋军中的这些关系网就从属于对袁的忠诚的总格局。
在他死后，北洋军官们不得不适应全新的局面。这种适应需要几年时间，在此期间每个军官要做出决定，他将听从谁的领导，他的地理和军事环境容许他做什么，他个人的倾向和愿望是什么，他的个人的利益怎样才能得到最大限度的满足，以及他如何判断国家的政治形势。
皖系军阀
到民国九年（1920年）前，最有影响、最复杂的派系之一是段祺瑞（1865年——1936年）领导的皖系军阀。段于光绪十三年（1887年）毕业于北洋武备学堂炮科，去德国深造后，成为炮队统带，兼任袁世凯训练新建陆军的小站炮兵学堂总办和主要授课人。
由于他在小站的重要作用，新建陆军大约一半的军官，包括民国初期华北许多重要军阀都是他的学生。段祺瑞作为安徽合肥人，与家乡这个大政治天才库有着联系，那个城市的儿女们显示出了浓厚的地方主义色彩和政治上的非凡本领。虽然段是位将军，但他的政治基础不是军阀式的对军队的直接指挥或对土地的控制。
段祺瑞
他的影响是以资历、声望和本领，特别是以他的大批个人追随者为基础。民国时期，段祺瑞的势力通过他的追随者，遍及政府的许多部门——参战军（后称边防军），内务、财政、交通等部，国务院秘书厅，京汉铁路，官办的龙烟铁矿公司，大理院。
这里很有必要提到一个俱乐部，一个政治俱乐部，即安福俱乐部，以增强他的势力。不在段追随者之列的军官和那些预见到有朝一日他们将成为他的统一方针的对象的军官，自然对段怀有敌意。此外，段坚持把他自己的手下人安插在最高的职位上，这使那些被忽视的人常不满。
直系军阀
从这一畏惧和怨恨的背景，出现了一个对立的集团，他们寻求唯一具有段的才干而又在政府中身居高位的另一个北洋军官冯国璋的领导。
冯国璋曾在北洋最高一级的部队中任职，当过直隶、稍后当过江苏都督，民国五年（1916年）又成为民国的副总统。民国六年（1917年）他成为代总统，这个职位在他确信他自己的手下人对三个重要的长江省份保持控制之前，他是不会担任的。
冯为什么终于领导了一个对段怀有敌意的集团还不完全清楚，一个原因可能是，孙中山已在南方建立了一个独立的政权，而关于消灭这个政权和重新统一国家的适当方针冯和段意见不一致。冯主张谈判，段要使用武力。
曹锟
冯于民国七年（1918年）离开总统职位，但那些反对段的人仍然把他看作领袖。因为冯是直隶人，这个发展中的军阀和政客集团就被叫做直系。由于段祺瑞比以前更加着力试图建立他的军事和政治优势，并由此统一国家。直隶督军曹锟越来越觉得受到了安徽集团的威胁，他和段的关系不断变冷。由于曹锟在最终迫使段下台的民国九年（1920年）战争中所起的领导作用，他终于成了直系的公认领袖。
奉系军阀
奉系由张作霖建立。张是出身寒微的许多军阀之一，他生于东北的一个农民家庭，开始当兵，后来组织一支地方防卫部队，这支部队成了东北正规部队的一部分。
当他攀登军队阶梯时，他带着他青年时期的下级和伙伴，他们都和他有密切的私人关系。辛亥革命时张支持清当局，而当骚乱已经平定时，他担任了奉军中第二位的职务。民国四年（1915年）督军退职时，张利用他有力的地方联系和他的军队部属使北京所委派的军官难以立足。民国五年（1916年）4月他终于被承认为奉天政府的首领。
一旦稳固地控制了奉天，张便同时使用军事威胁和政治影响，对满洲的另外两省树立类似的权威。民国六年（1917年），北京将黑龙江的首脑免职，因其支持满族皇帝复辟；而张的已经做好准备的军队保证了这一免职令的执行。他在北京的影响使他自己挑选的人得以任该省首脑，从这时起黑龙江就由张所认可的人治理。
张作霖
在吉林，事情的结果是类似的，但直到民国八年（1919年）张才将该省完全置于他的部属控制之下。这三省由于张对它们的牢固控制，当然也由于它们的大量财富和地理位置，是奉系最重要的地区。后来张把权力扩展到华北，另外一些军阀也成了奉系的一部分，但他们和张的关系从没有像满洲军阀那么牢固。
桂系军阀
桂系在这一时期的大部分时间里只留在一个省里。李宗仁是这一系的首领，但把他看成地位相等的人中的第一人更为确切。白崇禧和黄绍竑是这系初期的其他两个成员，直到黄旭初取代了黄绍竑为止。这一系在20年代初期出现，由李、白和黄建立了一个松散的联盟，目的是统一这个高度分裂的省。
到了民国十三年（1924年），他们已消灭了许许多多广西的小军阀，以致面临互相交战或持久合作的选择。因为他们出身相似，并发展了牢固的相互关系，他们决定共事。
军阀各系内浓生了派别，直系分裂成两派，一派以吴佩孚为首，一派以曹锟为首。曹派又依次分裂为二。这些派别对谁应担任什么职务并控制哪些财源而争吵。奉系内也存在派别，尤其是在民国十一年（1922年）受到一连串挫折，张作霖随之整编了军队之后。他提拔受过近代军事训练的年轻军官，但又想照旧支持他的老伙伴这就在奉天造成了新老两派。
所以综合上述分析，民国九年（1920年）以前皖系军阀实力最强，而那以后要属奉系军阀实力最强。单就内部凝聚力来说，奉系军阀肯定要属三大派系中最强的。
