崇祯十六年，北京城内开始出现一种怪病，很多人的身上会突然隆起一块，得了这种病的人，会全身红肿，不一会就会死亡。明末有名的医学家吴又可在他的《瘟疫论》就就有详细的记载：”夏秋大疫，人偶生一赘肉，数刻立死，谓之疙瘩瘟……所谓疙瘩瘟着，遍身红肿，发快如瘤着是也“。一家只要有一个人得了这种病，全家会在几天之内全部死亡。当时不仅有疙瘩瘟，当时还流行”西瓜瘟“，之所以会叫这样的名字，是因为得了这种瘟疫的人，眼睛会发红，并忽然吐血，吐出来的血就像西瓜汁，因此也会被称为西瓜瘟。得了这种瘟疫也是得之既死。
这种恶行疾病的爆发，使得北京人心惶惶，很多当地的医生，太医院派出医术最高的医生去检查，也没有办法认识。后有外省人员到京办事，说认识这种病。得了这种的患者，如果膝弯后有筋肿起，呈现紫色则此人必死，如果是红色的话，用银针快速刺进去。出了血之后，就能治好。当时的医生用此方法救了很多人。当时的北京因为这场鼠疫的肆虐，使得民众死了五分之一，守卫北京的明军士兵也死了将近一半。由于死亡的人数太多，使得北京的城门整整半年时间都被运输棺材的马车堵塞。
有史记称：“崇祯14年始，大名府瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶。广平府大饥疫，人相食。京师大疫，天津大疫。河南全省大疫，开封府阳武县死者十九，灭绝者无数。荣阳，民死不隔户，三月路无人行。”
而这个瘟疫，就是让人谈之色变的鼠疫。其实在万历年间，瘟疫就已经在大同开始流行。万历八年，《山西通志》记载，在大明同蒙古对持的前线大同，就已经爆发了鼠疫。其严重的程度，几乎十个家庭九家感染。由于当地的府衙根本就没有重视，导致疫情肆意蔓延。当地百姓纷纷逃难，流民数量进一步增加。大量逃亡的流民，由于饥饿的困扰，他们开始挖掘老鼠洞里的粮食来吃，吃完老鼠的粮食之后，他们又开始捉老鼠。由此瘟疫成为了脱缰的野马，再也无法控制。当时人口的密度还不是很高，交通也不方便，加上鼠疫传播的速度很快，一个村的村民感染之后，很快就全部死亡，因此还没有导致大规模的传染。
可是到了崇祯年间，鼠疫就已经开始大规模的爆发。其中爆发最为厉害的地方就是李自成的老家米脂。更加可怕的是，根据记载那几年那些闹鼠疫的地方天气也是异常有问题，春天几乎一滴雨都没有下，导致春苗几乎枯死。粮食的短缺使得当时粮食价格一度涨到24两一石。这个价格在当时使得很多的百姓根本就没有办法承受，《国榷》记载，陕西和山西等地，很多的婴儿一出生就被吃掉，一旦看到有人死掉，活着的人就会立刻上去分吃他的尸体，其中大部分都是妇女儿童。而吃过人的人，因为吃的人肉过多，而导致双眼发红，脸上长出红斑，全身燥热发狂而死。
特别是到了崇祯十四年，这一年有人忽然看到一幅非常诡谲的画面，在河南，河北，陕西等地，出现无数的老鼠，这些老鼠排着整齐的队伍，一个咬着前一个老鼠的尾巴，就这样成全结对的渡过湖泊江河，很快就快速的扩张到了北京和安徽等地。
而且有人曾经根据老鼠成群出现的区域发现，鼠疫爆发的地点，也是当时农民起义军流动的轨迹几乎一致。这也就解释了，为啥当初能把闯王打得只剩下十八骑的孙传庭，会在潼关和沛园一战输得那样彻底。李自成的农民军生活艰苦，一路基本上都是依靠抢夺获得生存资料。很多军中得病的人，其实早就被丢弃，能活下来的基本上都是有抗体，因此这群人只要到一个地方，就会把鼠疫带到一个地方，从而引起当地的瘟疫泛滥，而存活下来的人没有出路，就只好又参加农民军。农民军和官军作战的时候，又通过呼吸或者血液传播给了官军，官军又是聚居在一起，又形成了传播，导致最后战斗力的彻底丧失。这也是李自成的农民军越打越多，官军越打越少的主要原因之一。
北京沦陷前夕，明军守城部队严重匮乏。当李自成的军队来到北京城下的时候，明朝军官“鞭一人起，一人伏卧如故”，由此来看，但是守城的明朝士兵，几乎已经虚脱的站不起来。士兵已经虚弱的无力战斗了，此时再坚固的壁垒也难以守住城池了。甚至有不少文献记载，当时因死的人太多，甚至有人在白天都看到鬼魂就在游荡。
气数，是一个非常唯心的理论，但是如果看看崇祯十六年，崇祯十七年的历史，就会发现或许冥冥之中还真有这个东西。李自成进北京之后，他的手下刘宗敏欺负了陈圆圆，惹怒了山海关的守将吴三桂。吴三桂放清军入关，从此历史彻底改变。那么为啥清军能从北南下，一路打下来，灭了明朝呢？原来，于鼠疫传播的媒介—跳蚤讨厌马匹的气味，以骑兵为主的清军幸运地免疫，顺手击溃了羸弱的李自成和腐朽的南明政府，最终夺得天下。
