十九世纪六十年代中期，新疆各族民众在西北回民起义的影响下，发动了反清起义，这也是中国历史上影响比较大的起义。一些封建主和宗教上层分子为了获得利益，利用这一反清浪潮，称霸一方，形成了几个比较有影响的割据势力。位于南疆的民族败类金相印，为了能够在此次斗争中取得胜利，竟然向原来藩属清朝的中亚浩罕汗国求援。汗国的实际军事掌权人阿古柏趁机占领了喀什噶尔、英吉沙、莎车等地方，后来干脆自立为王，建立了一个名为“哲德沙尔”的汗国，想把新疆从中国的版图上分裂出去。
这时候，清朝已走向没落，国力没有那么强大，而正在中亚争夺霸权的西方列强英国人和俄国人，都想用阿古柏，以此来控制新疆。其中沙皇俄国行径由甚，不但公开地支持阿古柏叛乱，而且还打着代中国“收复”领土的幌子，居然出兵占领伊犁，甚至卑鄙无耻的把伊犁划为俄国的领土。
西北边防危机重重，迫在眉睫!全国民众纷纷要求出兵，收复新疆。可是，在清廷内部，却对要不要收复新疆产生了巨大分歧。北洋大臣李鸿章竭力反对， 而同朝为官的陕甘总督左宗棠则坚决主张出兵收复新疆。
经过反复的争论，大清最后接受了左宗棠出兵收复新疆的意见，并在公元1875年5月任命他为钦差大臣，由他来主理新疆的收复事宜。而这时，季高已是六十五岁的老人。
新疆以天山为界，分为南疆和北疆。左宗棠为了速战速决，统筹谋划后采取了先收复北疆，然后再出兵南疆的策略。收复北疆时，投靠阿古柏的叛将白彦虎在乌鲁木齐看守。清军的先头部队趁夜发动猛攻，阿古柏知道消息后，连忙派兵增援。经过三个多月的激战，清军最终打败阿古柏的援兵，收复了乌鲁木齐，还一口气攻克了昌吉、呼图壁、玛纳斯等地。
随后，左宗棠马不停蹄，向盘踞南疆的阿古柏军队发起总攻。清军只花了半个月的工夫，就突破了阿古柏设置的一道道防线，连续攻克达坂、鄯善、吐鲁番、托克逊，消灭敌人一万多。
这时英国人见势不妙，耍起“调停”花招，想让喀什噶尔变成保护国，并通过清政府向左宗棠施加压力。正所谓，将在外，君命有所不受。左宗棠不予理睬，继续追击残敌，阿古柏被打得东躲西藏，最后不得不服毒自杀，他的儿子伯克胡里带残兵败将逃到俄国境内。
就这样，左宗棠前后只用了一年半的时间，就收复了除伊犁以外的新疆全部领土。
