公元221年，秦始皇统一六国，建立大秦帝国。为了加强中央集权，除在政治上实行诸多制度之外，又在文化思想领域进行限制和管控。
因受战国时期，百家争鸣学术讨论的影响，秦国初期，学者、儒生还保留着敢于直言、辩论争鸣的优良传统。
公元前213年，秦始皇在咸阳为群臣和众多儒生，大摆宴席。宴会上，众儒生与法家代表就是否实行分封制度展开了激烈的辩论。丞相王绾、博士生淳于越等主张实行分封。而丞相李斯等人赞同郡县制，并斥责王绾等人“师古不学今”，“教古害今”。
秦始皇对此感触很深，支持李斯的观点，并采纳了李斯“焚书”的建议。除了秦国史书、农书、医药及博士所藏《诗》、《书》等书以外，各国的史书典籍、经典著作、私人藏书等，全部都要交给官府，并按时焚毁。
同时，严禁学术言论自由，严禁妄议朝政。违者将受到严惩，甚至被判处死刑。
就这样，不管是都城咸阳，还是边远乡村，到处弥漫着焚书的浓烟，大批文化古籍在无情的烈火中化为灰烬，中国文化史上第一次惨烈的大浩劫从天而降。
焚书不仅使许多先秦重要典籍遭到破坏，同时，也给春秋战国以来活跃的思想领域及理论探索者们以致命的打击，秦代学术自由探讨的大门就这样被封闭了，先秦诸子百家文化思想融合的进程也受到阻碍。
然而，焚书还没有完全结束，“坑儒”又随之而来。“坑儒”是由于方士侯生、卢生等讥讽始皇而后逃走所致的。
嬴政登基之后，为了谋求长生不老，而迷恋方术，动用重金，派遣韩众、徐福、卢生、侯生等方士，四处求寻灵丹妙药。由于长期服用各类丹药，秦始皇肝火旺盛，脾气愈加暴躁。
根据秦国的法律，没有找到仙药的人将被处死。侯生、卢生一直在为秦始皇寻找仙药，却始终没有找到，他们焦急不安。从秦始皇的喜怒无常中，他们觉得自己的末日要来了。
他们深发感叹，像始皇帝这样用残暴和威权来统治国家的人，不值得我们为他寻求仙药。于是侯生、卢生携巨款，悄悄逃走了，隐匿他乡。
这件事使秦始皇十分恼怒，他暴跳如雷地说：“我招募了众多方士，让他们炼制并寻访仙药，供我服用，以使我精力充沛，能更好地治理天下。今天听闻，徐福耗费万金，还是没有求得仙药，韩众私自逃匿，也未上报。卢生和侯生，我赏赐给他俩如此之丰厚，却诽谤于我，说我不重德，并携巨资潜逃。我要彻底调查此事，所有在咸阳的儒生，都要被询问”。
于是他下令，对所有在咸阳的儒生进行审查讯问，欲查出造谣惑众的侯生、卢生两人。儒生们为保全自己的性命，只得相互告发，秦始皇最后把圈定的四百六十余人，都在咸阳挖坑活埋。
长子扶苏劝谏道：“天下刚刚安定下来，远方的黎民百姓还没有完全归顺依附。如今统统都要重刑处理，恐怕会引起天下百姓的不安，希望皇上慎重做出决定。”
然而，此时的秦始皇，根本听不进别人的意见，他一气之下，竟把长子扶苏赶出京城咸阳，北去上郡临视蒙恬，驻守边疆去了。
秦始皇的“坑儒”，特别是他所坑杀的人究竟是方士还是儒生，学术界各持己见。从分析“坑儒”事件的起因来看，秦始皇所坑杀的人应该是方士；而从长子扶苏的进谏“众儒生都学习孔子的学说”来看，秦始皇所坑杀的又好像是儒生。
对此，众多历史研究者认为，从秦开始，方士和儒生渐渐走到一起，特别是那些儒生们，看到秦始皇对仙道方术如此崇信，因此，他们在讨论政治制席时也借用邹衍的五德终始说来迎合他的意图，这样儒生便向方士慢慢靠拢；而方士们看到仅靠仙法道术不能完全满足秦始皇的需求，尤其在政治上不如儒生，便表现出崇尚儒学的样子。
这样，一方面是儒生们尽量方士化，另一方面是方士为了政治权力也尽量儒生化。就此可以推断，秦始皇所坑杀的人中间，方士为大多数，儒生为少数。
从事情的表面情况来看，“焚书”起源于秦初“师今”与“师古”的争论，但就实际而言，它是秦始皇加强专制统治所不可缺少的手段之一。作为一个刚刚统一天下的帝国统治者，他要统一意志、统一思想、统一行动。儒生们“百家争鸣”的学术争论和他的统治需要背道而驰，他自然是不能容忍的。至高无上的皇权是不能够侵犯的。
而“坑儒”则是“焚书”的继续。如果说焚书是由于秦始皇容不得政治思想上持不同意见者，那么，侯生、卢生等方士们没有求得仙药，“妄议”朝政，而被秦始皇视为是直接的背叛，这同样是专制皇权所不能容忍的。
