几个月内，李景隆接连打败仗。建文帝罢免了他的官职，任命盛庸为平燕将军，接替李景隆。
01济南之战
随后，战场从平坦的华北平原转移到山东的丘陵地带。燕军从雄县打到山东，随即进攻山东省府济南。坚守在这里的山东参政铁铉，诈降诱使朱棣进城受降。
铁铉命士兵伏在城墙上，待朱棣进入城门时，丢下铁板砸死他。结果，朱棣进城时，铁板提前落下，正好砸到朱棣乘坐的马头上，坐骑当场死亡，朱棣慌忙换马，夺路而逃。
朱棣非常生气，决定用大炮攻城。铁铉在一块木牌上写下“太祖皇帝神牌”，挂在城墙上，燕军只好停止炮击。围攻持续了3个多月，济南一直攻不下来。
朱棣从来没有在一座城下待过这么久，因为他知道，济南是核心战略要地，拿下济南，整个山东都会落入他的手中，南北粮道就掌握在他手中，明军因为粮道被阻断，在河北等地将不战而溃。说到底，朱棣也和建文帝一样，期盼速战速决。建文帝不想耽搁，但朱棣却拖不起。
02东昌之战
1400年冬天，燕军听说明军主力再次北上，新的决战开始了。双方试图沿大运河作战，以方便粮食转运和部队调动。燕军占领的沧州、德州等地，已被明军收复，燕军北撤。
之后，朱棣提前得到了情报，决定南下扰乱明军粮路，派轻骑兵到大名焚烧粮船。燕军先后从官陶渡运河到东阿、东平，威胁南方，逼迫盛庸南下。盛庸将计就计，决定在东昌（今山东聊城）作战，并在阵中放置了大量的火枪和毒弩。
盛庸曾在济南与铁铉并肩作战，并有击败燕军的战绩。这一次他在城边列队，准备迎接燕军骑兵的猛攻。朱棣骑兵如期到达，向左翼发起进攻，但左翼却一动不动。或许是想起之前对付李景隆的策略，朱棣带着骑兵直冲中军，果然，大阵被冲开了！
朱棣眼见自己的骑兵冲进盛庸的大阵，却如撒盐入水，渐渐消失不见。两翼的明军直接开始向中间聚拢。朱棣中计了！
最终，在燕军名将张玉和朱能的拼死冲锋下，朱棣避免了被俘的命运，而张玉大将却在此战中阵亡。
建文二年（公元1400年）十二月的东昌之战，是明军第一次大胜。朱允炆非常高兴，祭拜了太庙。盛庸部声势大振。
03藁城之战
建文三年（公元1401年），燕军来到两年前击败明军的真定，将守军引出城外，在藁（gao）城外发生了一场战斗，又是狂风相助，燕军借风又大胜一次。
从白河沟，到夹河，再到藁城，朱棣得三次大风相助获胜，朱棣相信这是天命，上天都在帮自己。
04燕军南下
至此，燕军起兵靖难已经两年多了，尽管胜多败少，但战术上的胜利根本无法扭转战略上的劣势。燕军实力太小，始终无法与能够调动全国资源的朝廷，打持久战和消耗战。
军师姚道衍建议，不要再以攻城略地为战略目标，应该直接南下，大部队在外，南京兵力薄弱，直取京师。这是一场豪赌，朱棣果断出手。
建文四年（公元1402年）正月，燕军并没有像以前那样沿运河南下，而是绕过沧州等地，直接穿过华北平原，经过保定蠡县，前往德州，随后沿着大运河快速向南行军。两个月内到达徐州，徐州守军坚守不出。燕军也没有纠缠。他们一路向南奔袭，不到一个月就到了安徽宿州。平安看到燕军一路南下，率军追击。
05灵壁之战
在齐眉山，燕军的前锋被徐辉祖击败。除酷暑外，燕军进退两难，将领纷纷要求北上。幸亏朱能此时鼎力支持朱棣，称“汉高祖十战九败，才得到天下”。众将大受鼓舞。
朱棣立即利用这难得的士气，取得了战术上的胜利——拦截了明军平安部的粮道，围困了明军，直接改变了战争的最终结果。明朝军队在离京师如此之近的地方，竟然陷入了缺粮的困境。
平安等将领决定以三声炮响为信号，组织士兵突围。次日，三声炮响如期而至，士兵们冲向灵璧各城门。城门打开，他们被眼前的一幕惊呆了——一群扛着云梯的燕军士兵，正朝着灵璧城而来。原来燕军选择的攻城时间是在同一天，信号同样是三声炮响！
就这样，原本专注于突围的明军前方部队不知去向何处，但后面的士兵却一心想出城突围，挤作一团。燕军骑兵乘势而上，将明军最后的抵抗力量全部消灭。
06渡江进京
之后，燕军全速向南推进。十八天后，扬州陷落，金陵震动。朱允炆急忙派庆城郡主（朱元璋的侄女，朱棣的堂姐）与朱棣谈判，表示愿意议和割地。
朱棣说：“这不过是朝廷拖延时间的伎俩，只等远道而来的援军。”燕军进军距南京三十里的龙潭，建文帝坐不住了，朝廷大臣劝他逃往浙江，或者沿江而上到武昌，以谋再战。但方孝孺上前说道：“城内还有二十万禁军，唯有守城等待援军。就算于事无补，君王死社稷，才是正道！”
就这样，建文帝失去了最后的机会。守卫南京城西北金川门的李景珑和谷王朱橞，看到朱棣大军到来，直接打开了城门，不战而降。京城内主干道旁，文武百官夹道跪迎王师。
回想这三年多的战争，建文帝曾有过无数奠定赢局的机会，但几乎每一个机会，他都没把握住。
大势已去，建文帝点燃了祖父朱元璋留给他的华丽宫殿，在火光笼罩中，这个25岁的皇帝不知所踪。
