司马迁对于华夏民族的演进全局在胸，他完成了全书130篇丰富生动的记述之后，画龙点睛，对于如何设计全书的结构体系和宏纲巨目，作了明确的交待。《太史公自序》云：
罔罗天下放失旧闻，王迹所兴，原始察终，见盛观衰，论考之行事，略推三代，录秦汉，上记轩辕，下至于兹，著十二本纪，既科条之矣。
这是画龙点睛的精彩论述，概括了他的三项指导思想：1.《史记》是首创的华夏民族通史，记载上起黄帝、下迄武帝时期的宏富内容；2.他首要的关注点是贯通古今，论述历史盛衰兴亡大势，“王迹所兴，原始察终，见盛观衰”；3.十二本纪是全书“通古今之变”的纲领，是提挈全书内容的主干，其余表、书、世家、列传四部分均围绕本纪展开，起到配合补充、交光映衬的作用，因而全书是结构紧密的有机整体。
司马迁成功实现“通古今之变”的要领，就是以本纪为主干，而以表、书、世家、列传为补充，写出华夏文明演进的大格局、历代盛衰兴亡的大趋势。这种诸体配合的结构和本纪作为主干的确定，充分体现出司马迁著史的继承性和创新性特征。司马迁自觉地继承我国先民发达的历史意识，自觉继承了先秦史著的史学成就，对于《尚书》《诗经》《春秋》《左传》《国语》《战国策》以至于《论语》《孟子》《荀子》《韩非子》等典籍无不精熟，充分挹取、运用，采百花而酿醇蜜。与此同时，他又充分地发挥了雄奇的创造力，勇于创新，实现了史学由先秦时期创始阶段到汉代成熟阶段的飞跃。《左传》在先秦史学中成就最高，它年经事纬、史实丰富、记载生动。但《左传》只记载春秋时期242年史事，规模有限；它用的是编年体，遇到复杂的大事件就会隔越数卷，不相连贯，且同年发生的事件一起记载，虽有时代性强的好处，但从历史演进的线索而言则不能清晰呈现；再加上只载军国大事，与此无关者无法容纳，势必造成历史视野和记载内容的局限。《史记》则气魄雄伟，囊括宏富，政治、经济、军事、外交、人物、制度、民族活动、思想学说等无不备载，被誉为“创为全史”，达到了著史之“极则”。因此，《史记》的产生在史学发展上具有极其重大的意义，它不是简单地以一种新体裁代替先秦史书的编年体裁，而是标志着史学从朴略阶段向宏伟精美阶段实现了质的飞跃。唐代著名史评家皇甫湜有见于此，赞扬司马迁的创造是“必新制度而驰才力”，是著史格局的大力创新。其论云：“观其作传之意，将以包该事迹，参贯话言，纤悉百代之务，成就一家之说，必新制度而驰才力焉。”“编年纪事，束于次第，牵于混并，必举其大纲，而简于序事，是以多阙载，多逸文。……子长病其然也，于是革旧典，开新程，为纪为传，为表为志，首尾具叙述，表里相发明。”“首尾具叙述”，即贯通古今，原始察终；“表里相发明”，即诸体互相配合，形成有机整体。
试看，《五帝本纪》记载中华文明的远古时期，各项制度处于草创阶段，故称：“维昔黄帝，法天则地，四圣遵序，各成法度。”至夏、商、周三代，则重视记述帝王施政治国的不同特点，以明其盛衰之原因。如说夏朝灭亡的原因是，“桀不务德而武伤百姓，百姓弗堪”。而商汤兴起的原因，是汤体恤民众的疾苦，重视人心的向背。至殷纣王残暴骄淫，终于自取灭亡。这时周的势力已在西方兴起，至周武王率领浩浩荡荡的盟军渡过黄河，来到商郊牧野时，便发生了纣师倒戈相向的一幕。司马迁对于秦汉之际历史变局的记述尤为生动、深刻。陈涉揭竿而起，反抗秦的暴政，秦朝在遍地起义烈焰中迅速灭亡；项羽曾经是号令天下的“西楚霸王”，却因不行仁政而众叛亲离，刘邦则安抚百姓，因而夺得天下。
司马迁“通古今之变”又一成功要领，是不拘常格，勇于创造，记述方法灵活变化，以展现历史演进的大局。
为了表达对秦的历史地位的充分肯定，而设置《秦本纪》和《秦始皇本纪》，便是突出例证。十二本纪中，夏、商、周都设了一篇本纪，唯独秦却占有两篇，理由何在？前代学者如刘知幾、司马贞、蒋湘南等对此不理解，他们只从形式着眼而不注重内容，因此批评司马迁“自乱其例”。事实是：历史形势和变局异常复杂，高明的史家必然是要让史例服从内容，而不能削足适履，让生动变化的史实迁就于刻板的史例。司马迁正是为了做到“通古今之变”，凸显这一阶段的历史大势，而突破常规创造新例。其卓越见识约有三项。1.周在春秋战国时期已失去天下共主的地位，而此时秦的国力节节增长，只有它能胜任春秋战国时期历史总纲的地位。详审《秦本纪》史文，有关齐桓公伐山戎，开地千里，齐伐楚，葵丘之会等，均载于《秦本纪》中，而秦穆称霸西戎，证明秦确实在大局中处于主导地位。2.《秦本纪》又载，秦孝公任用商鞅实行变法，国力骤强，此后历代君主奋发努力，使秦逐步奠定统一中国的雄厚基础。这些记载，深刻揭示出中国为何能实现统一的历史根源，确切地符合将此篇设置为“王迹所兴，原始察终”的本纪要求。3.司马迁在结构上作了精心处理。《秦本纪》之末，记载秦攻六国连连取胜，兼并了大片国土，以“秦王政立二十六年，初并天下为三十六郡”作结。与《秦始皇本纪》开头所言“当是之时……欲以并天下”，正好针线缝合。总之，设立这两篇，是司马迁表达“通古今之变”的历史走向的创造性安排，“惟有这样做，才与秦在中国历史上的重要地位相称”。
又一典型例证，是运用对比手法成功地撰写《项羽本纪》和《高祖本纪》。此两篇在时间上紧密相联，所载史实各有详略、互为补充。刘项两人都是反秦起义军的主力，为推翻秦朝统治建立了赫赫战功。项羽的出身为楚国贵族子弟，其祖项燕是楚国名将，而本人勇力过人、武艺高强，起义不久即在钜鹿大战中勇破秦军主力而使诸将折服，后自封为西楚霸王，居于号令天下的地位；刘邦则出身亭长，社会地位无法与项羽相比，虽然有率军从山东首先攻入关中的大功，但在楚汉对峙以前一直处于弱势地位。而刘项相争的最后结果，是项羽一步步转为劣势，最后兵败被围，自刎于乌江，刘邦则由弱变强，最后击败项羽，当了西汉开国皇帝。那么究竟是什么原因造成这种结局呢？
这是西汉初期高祖君臣极感兴趣的问题，而从“通古今之变”的角度而言，更是秦亡之后的一大历史关节点。为此，司马迁成功地运用对比手法，有力地揭示出推动楚汉之际历史大变局的深层原因，从政治胸襟与决策的对比，总结刘胜项败的经验教训。1.是安抚百姓，还是残害民众？秦朝的暴政和战乱使民众受尽煎熬，当务之急是解救百姓痛苦，给予他们得以生存的权利。项羽却无视民众悲惨处境，恃其勇力，滥施杀戮，致使丧失民心。他击败秦军主力章邯军之后，听说降卒中有怨言，竟然连夜“击坑秦卒二十余万人新安城南”。鸿门宴后，“项羽引兵西屠咸阳，杀秦降王子婴，烧秦宫室，火三月不灭；收其货宝妇女而东”。他在河北、山东与诸侯军作战，“北烧夷齐城郭室屋，皆坑田荣降卒，系虏其老弱妇女。徇齐至北海，多所残灭。齐人相聚而叛之”。相比之下，刘邦却实行安抚人心、舒解危难的政策。同样在关中，刘邦先是接受孺子婴投降，退出咸阳皇宫，封秦重宝财物府库，还军霸上。约法三章，除秦苛法，保证不掳掠，不侵夺，告谕乡邑。“秦人大喜，争持牛羊酒食献飨军士。沛公又让不受，曰：‘仓粟多，非乏，不欲费人。’人又益喜，唯恐沛公不为秦王。”此后在刘邦与项羽长期争战中，关中就成为其稳固的后方根据地，由此奠定了取胜的基础。2.是遵守约定，还是背弃承诺？楚怀王原本与诸将有约，先入关中者为王，刘邦有勇有谋，一路西进，先攻入关中。项羽忌其大功，竟然违背楚怀王之约定和本人之承诺，改封刘邦为“汉王”，让他处于偏僻道险的巴、蜀、汉中。项羽又对诸将分封，共封18个王，自立为西楚霸王。“实行分封是恢复各诸侯王割据的状态，开历史倒车。项羽又徙义帝至长沙郴县，使人杀之江中，这种背信弃义的阴谋暗杀行为，使项羽更加陷入政治上被动的地位。” 3.是尊贤纳谏，还是妒贤嫉能？项羽刚愎自用，毫无谋略，沽名钓誉，在鸿门宴的关键时刻拒绝谋士范增提出的计策而放走刘邦，以致养虎贻患。又中汉将的反间计，对范增无端猜疑，范增乃气愤辞归，半途发病而死。因此，司马迁评价他：“自矜功伐，奋其私智而不师古，谓霸王之业，欲以力征经营天下。”最后国亡身死！刘邦则尊贤纳谏，豁达大度，善于用人，因而能屡屡做出正确决策。尤其如鸿门宴上机智摆脱项羽设计的危局，及时定计从汉中出奇兵还定三秦，在紧急关头答应对韩信、彭越封给大片土地、赢得两人立即出兵将项羽重重包围在垓下，都出于张良、韩信等人的进谏，因而屡屡克服艰难危局，最终取得胜利！
以上分析充分证明：司马迁站在“通古今之变”的高度，对刘项双方的政治胸襟和决策两相对比，因而做到既凸显了楚汉相争这一重要历史变局的演进大势，又充分展现出起伏变化的历史场景，揭示出导致最终刘胜项败的必然性，令读者从中获得宝贵启示，因而《项羽本纪》《高祖本纪》两篇均成为千百年来脍炙人口的名作。
