1879年，俄国人阿尔伯特·雷格尔来到高昌故城，将其描述为“筑有很厚围墙的一大片墟址”的“一座古罗马般的城市”。雷格尔对高昌故城考察，引起了西方学者和探险家的极大兴趣，也揭开了新疆文化考察的开端。一位考古学家曾经这样说：“如果想知道盛唐时的长安城是什么样，就来吐鲁番的高昌故城吧，它就是唐时长安远在西域的翻版。”接下来我们就详细了解一下高昌故城。
高昌故城位于吐鲁番市以东约30公里的三堡乡，为吐鲁番盆地北缘与火焰山南麓戈壁接的冲积平原地带，周围地势平展。北距火焰山南麓的木头沟沟口约6.5公里，东距都善县城55公里，北距阿斯塔那古墓群3公里左右，东北距胜金口石窟7.5公里。
作为土质城市，高昌故城的宏伟规模、保存完整程度堪称世界少有。故城总面积约198公顷，是古代西域地区面积最大的都城，平面呈不规则正方形。高昌故城的外城城墙保存相对完整，气势宏大。内城城墙部分保存，西城门尚可辨识。现存地表可见的建筑遗迹为故城遗址面积的20％左右。部分基址保存了较完整的形状。佛寺、作坊、居址等重要建筑遗存清晰可辨。现存外城、内城和可汗堡三重城。
外城城墙平面轮廓呈不规则方形。周长5440米（北墙1320米、西墙1370米、南墙1420米、东墙1320米），围合面积198公顷，最高处11米。各面城墙保存状况不一。墙体为夯筑和土坯垒砌，大多残缺有裂隙，可见多次维修痕迹。墙体上留有上下数层木孔，孔内衬方形土坯或生土块。墙外筑有马面、瓮城等军事防御设施。高昌城内有七个城门，高昌故城中现在可以判明的城门遗迹仅有一处，即西门，为北凉时期的建筑。
外城北部建筑遗址虽然密集但颓毁严重，普遍残高在2米以下，西北部土台基址仅存少量遗迹。外城西南角有一座寺院遗址。寺院基址平面呈矩形，布局相对完整，四周高墙环绕。寺门向东，有小路通出，两侧残留不少建筑群址。庭院正面为佛殿遗址，殿内中心柱南面尚存佛龛，上部小佛龛中留有抹灰与绘制背光的遗迹，庭院右侧为方形弯窿顶建筑遗址，残存下部墙体及东北隅墙体交角上部的帆拱，佛殿的北、西、南三面为排房遗址。东南部有三处排房遗址，面积大小不等。东南角有一处前殿后塔遗址。东部有规模较小的零星地表遗存。
内城周长约3420米，围合约80公顷。《隋书·高昌传》记载高昌城“周回一千八百四十步”，约合6里，与今天所见的故城长方形内城规模相当。内城东墙残缺，西墙北段仅存数段残墙，南段有墩台状遗迹。墙体为夯筑而成，上下数层有木孔痕迹，破坏严重。
内城西北部尚存较多建筑遗址，遗迹类型较丰富，但颓毁严重，其中较显著者有靠近西墙的高台及上部塔式建筑遗迹。南部残留建筑遗迹较少，中部与西部有较大规模的建筑遗迹。
高昌王国的宫城，位于内城遗址北部，回鹘高昌时期称“可汗堡”，现仅存南、西、北三面城墙。城内北部有一面积约900平方米土台。土台上有塔形建筑遗址。土台西侧有下沉式庭院遗址，南侧正中和西北角有台阶，南侧有大片建筑遗迹。地面上或疏或密地分布有直径、深度不等的圆坑，但墙垣不存，布局已不可辨识。在可汗堡东墙外，德国人勒柯克曾发掘出北凉承平三年（445年）“沮渠安周造寺功德碑”，证明此处为北凉流亡政权的王家寺院。
高昌故城内分布有大量宗教建筑遗址，如著名的西南大佛寺、α寺、M寺、东南小佛寺以及五塔寺等。根据德国人格伦威德尔绘制的故城平面图，我们可知在20世纪初，城内还残存50余座宗教寺院。然而，高昌城的宗教内涵绝不仅限于佛教，摩尼教在这里也曾经异常繁华，回鹘人西迁后，有一支辗转来到西域，最后建立了高昌回鹘政权，定都高昌城，由此也把他们信奉的摩尼教带到了这里，并将原来城内的许多佛寺改建为摩尼寺。19世纪末20世纪初，国外探险家来到高昌城并盗掘了大量精美的摩尼教壁画、麻布画以及摩尼教经典。城内和城的附近还有道教、祆教及景教寺院。
根据最新的考古发掘资料，在西南大佛寺周边存在有大片的居住遗址——排房，大概因其排列整齐而得名。据粗略统计，共计有房间93间，分为双室套间和单间两类。这些房间又分为若干组，每组均有院墙围砌，并有一个小型的庭院。此外，在城的西北部也发现有居住遗址；城的西南部亦有类似居住遗址的房屋。这些居住遗址，均分布在城的四角，可能为吐鲁番出土文书中记载的东南坊、西南坊、西北坊、东北坊。此外，城外还发现有护城河的遗迹。
高昌故城因地制宜采用土坯砌筑、夯筑夯土墙、上部土坯发券三种建筑方法，具有浓郁的地方特色。外城中间两面夯筑墙体的中间往往夹有土坯堆砌的单墙体，而且东西墙修筑方法混用关系不一。外城的墙体建筑修筑方法也不相同，有的墙基为生土，墙体为夯筑，上面为土坯券顶。反映了高昌故城经历的时代久远，包含的文化复杂多样和建筑技术的多变、融合。
