孙坚时期，由于已经是黄巾之乱，所以孙坚是四处征战，可以说是没有固定的治所，不过，他倒是把他的家眷都留在九江郡寿春县，即现在的安徽省淮南市的寿县。不久后，由于战功，中平四年（187年）孙坚被封为长沙太守，所以他的治所也就到了长沙。
紧接着汉灵帝驾崩，董卓乱政，天下诸多州郡，纷纷兴兵讨伐董卓。孙坚也参与其事。袁术和孙坚联手，经袁术表奏，初平元年（190年）孙坚被表奏为破虏将军，兼领豫州刺史，于是，孙坚就在鲁阳（今河南平顶山市鲁山县）驻扎。这时，周瑜劝孙策携母亲弟弟移居舒县（今安徽省庐江县），孙策于是带着母亲来到了舒县。
孙坚死后，孙策崛起，后来，袁术称帝，朝廷为了拉拢孙策，建安二年（197年）夏封孙策为为骑都尉，袭父爵乌程侯，兼任会稽太守。于是，孙策以会稽郡为中心，开始向外扩张之路。会稽郡又称吴郡，治所在山阴县（今浙江绍兴市）。
没过几年，建安五年（200年），孙策被刺客杀了，孙策临终前命孙权接替其位。孙权当年虚岁十九岁，被东汉朝廷册拜为讨虏将军，兼领会稽太守，驻守吴郡。会稽郡（吴郡）这时成了东吴比较牢固的一个治所驻地。
建安十三年（208年），孙权由吴郡迁徙治所到丹徒，号称京城（今江苏镇江）。之所以迁到丹徒，其实和这年的一场三国史上非常出名的战役有关，那就是赤壁之战，孙权为了更好的，近距离地指挥赤壁之战，所以把治所开始向长江上游迁移。
到了建安十六年（211年），就在上一年，周瑜病死了，而211年呢，刘备接受了刘璋的邀请，去了益州。当年周瑜的思路就是往西夺取益州，现在眼看着益州被刘备抢了先，孙权开始琢磨荆州的地盘了。于是这一年孙权听从张纮建议，迁徙治所到秣陵（今江苏南京）。
建安十七年（212年），孙权开始在秣陵大兴土木。筑石头城，并将秣陵改名为建业（今江苏南京）。建业作为东吴的治所，又一直用了十几年。当然了，孙权在袭击了关羽，拿到了荆州地盘后，就把自己的治所迁到了荆州武昌（现在的武汉市武昌区）。之所以他在武昌，一方面是为了抵挡可能的蜀汉的进攻，另一方面也有助于在此训练水军，抵抗曹魏的进攻。
黄武七年（229年）5月23日，孙权称帝也是在武昌。并且正式建都武昌。
当然了，随着三国局势的稳定，尤其是孙权称帝后，和蜀国又搞了一个歃血为盟，二国合伙平分天下，因此，在蜀国方面的进攻压力减少。孙权开始把进攻方向移向吴国东北方向的合肥及浙江北部地带。于是又再次迁都建业。
最后，建业作为东吴的首都，一直使用到东吴灭亡。
