淝水之战后，北方大乱，东晋军队借机收复了洛阳。可惜的是，淝水之战后谢安去世，东晋北伐事业夭折。紧接着，孝武帝司马曜与其弟司马道子内衅又起，各树朋党。东晋朝廷一直内争不断，而且，重要方镇的大员也没有一个是能够带兵打仗的将才。
隆安元年（公元397年），姚兴就曾经派遣姚崇对洛阳进行过一次试探性的进攻。当时的东晋河南太守夏侯宗之固守金墉城，姚崇掳掠洛阳附近二万多户民众而还。隆安三年，促使姚兴出兵洛阳，进而控制河南、淮北地区的真正原因，大约与南燕慕容德离开滑台率军东去，该地东晋兵力薄弱有关。
得知后秦进攻洛阳的消息后，东晋雍州刺史杨俭期向北魏常山王拓跋遵派出使者求救。拓跋遵向拓跋珪汇报以后，拓跋珪以张济为拓跋遵的从事中郎南下襄阳，与杨俭期接洽。
杨俭期说∶“晋魏通和，过去就有，不仅是今日之事。羌贼狡猾，多次进攻洛阳地区，令我日夜忧愁。如今这里兵力弱小，府库空虚，与贵国结好，就是一家人了，我不再隐瞒什么。救援洛阳一事，全靠魏军，如果洛阳得以保全，我们一定会厚厚地报答。与其洛阳被羌贼拿下，不如让魏军占领。”
杨俭期所云也是实情。此时，江州刺史桓玄不仅视他为眼中钉，而且还意欲吞并荆州。在这种情况下，襄阳根本无法向洛阳派出一兵一卒。为了促使北魏军出兵，杨俭期甚至答应把洛阳交给北魏军。
不过，北魏军出兵救援洛阳，势必将与后秦翻脸，对于拓跋珪来说，现在还不是时候，但如果对杨俭期的请求置之不理，不仅在面子上过不去，而且，又显得北魏军软弱无能。于是，八月，拓跋珪命令太尉穆崇率领六千骑兵南下，作出解救洛阳的姿态。
北魏的区区六千骑兵毫无意义，东晋河南太守辛恭靖在洛阳坚守了一百多天，终于在外无救兵的情况下，城破被俘。辛恭靖被关押三年之久，到晋安帝元兴年间，他越墙而逃，辗转回到了江东，被桓玄任命为谐议参军，给予很高的礼遇，每次朝见都排在群臣之首，不久，就因病去世了。
洛阳就这样被后秦占领了。
杨俭期是一位猛将，有着丰富的作战经验，在他担任雍州刺史以来，“抚将士，恤百姓，缮修城池，简练甲卒，甚得人情”。然而，以当时他所处的情形来看，也的确没有能力北上解洛阳之围。这是因为，就在他眼前的夏口，江州刺史桓玄一直虎视眈眈，盯着他的襄阳，让他不敢离开襄阳半步。
襄阳、江陵、夏口，在大荆州地区如同三足鼎立，各自有各自的战略作用。襄阳作为北伐的策源地，保护着荆州腹地；江陵抵制来自益州的打击，同时，又给予襄阳以支撑；夏口则屏护下游扬州，又能源源不断地从水路供给北伐所需的军需物资。
然而，如今三地却分别掌握在三人之手，要命的是这三个人又各怀鬼胎，尤其是杨俭期与桓玄的矛盾已经公开化了。为了防患于未然，荆州刺史殷仲堪与雍州刺史杨俭期结为儿女亲家，以防被桓玄吞并。可是，殷仲堪对杨俭期也并不放心。当杨俭期多次请求一起消灭桓玄的时候，殷仲堪坚决不同意。殷仲堪是想在杨俭期与桓玄之间搞一种平衡。然而，就在洛阳陷落前后，杨俭期曾整顿军队，对外声称增援洛阳，实际目的却是要南下，与殷仲堪一起偷袭桓玄。殷仲堪苦苦劝阻，还派遣从弟殷遹率军驻扎在荆州北部边境，阻止杨俭期南下。杨俭期无奈，只好作罢。
桓玄也担心自己终究会被杨俭期和殷仲堪二人所灭，他给司马道子父子写信，请求增加自己的统治区域。当时司马道子还保留着录尚书事的职务，但风光不再，东晋朝廷的实权已掌握到其子司马元显之手。
对于当政的司马元显来说，谢琰、刘牢之虽然刚刚击退了扬州孙恩起义，但扬州地区遭此浩劫，再也经不起外部的任何打击了。因此，司马元显也想在杨、桓、殷三人之间制造矛盾，以促使三人同盟关系的解体，减轻他们对中枢的压力。东晋朝廷下诏命桓玄以江州刺史的名义，加督荆州的长沙、衡阳、湘东、零陵四郡军事，又任命桓玄的哥哥桓伟为辅国将军、南蛮校尉。原南蛮校尉杨广是杨俭期的哥哥，打算阻止桓伟到任，殷仲堪为人多疑寡断，没有同意，改任杨广为宜都、建平二郡太守。南蛮校尉也驻节江陵，荆州刺史往往加南蛮校尉一职，如今司马元显以桓玄的哥哥桓伟担任南蛮校尉，无疑是在殷仲堪的眼中掺沙子。与此同时，杨俭期的弟弟杨孜敬原为江夏相，桓玄突然袭击，将杨孜敬所部吞并，把他召为谐议参军。
这一年，荆州地区发生了罕见的洪灾，平地积水有三丈深，殷仲堪将荆州粮仓积存的全部粮食都拿出来赈济灾民。桓玄感到此时是夺取荆州的最佳时机，于是，他对外宣称将要解救洛阳，率军西上，并给殷仲堪送去书信说∶“杨俭期受国家大恩却坐视洛阳皇陵于不顾，你我应当共同讨伐他。如果你与我的意见一致，可以将杨俭期诛杀；如果不同意，我就将掉转矛头，顺着长江西上进攻你。”就在不久前，桓玄也曾提出过类似要求，殷仲堪称∶“你要解洛阳之围，就直接从汉水而上，一兵一卒都不能进入长江。”当时桓玄准备不足，因此只得罢兵。
桓玄屡次三番这样表示，目的就是要殷仲堪彻底与杨俭期翻脸，而殷仲堪却打算让杨俭期和桓玄二人都存在，自己好从中渔利。殷仲堪的态度促使桓玄决心先向其动手，这是因为，如果舍殷仲堪而北上襄阳的话，一旦殷仲堪顺江而下，抄了自己的后路，那麻烦就大了。因此，在他向殷仲堪发出书信的同时，就已经派军西上进攻巴陵（湖南岳阳），控制了那里的军粮库。新任梁州刺史郭铨刚好西上，路过夏口（湖北武汉），郭铨是桓氏旧将，桓殷仲堪看到桓玄的书信以后，当即就把桓伟软禁了起来，他还让桓伟给桓玄写信，反复劝说其撤军，言辞非常凄切。桓玄看了书信说∶“殷仲堪患得患失，肯定不敢杀掉我哥哥，即使我哥哥在他的手中，性命肯定无忧。”
果然不出桓玄所料，殷仲堪一直没有胆量杀死桓伟，与桓玄彻底决裂。不过，他也采取了一系列措施，企图击退桓玄的进攻。他一方面命令堂弟殷遹率领七千水军驻守西江口（湖北监利），抵挡桓玄之军，另一方面给襄阳的杨俭期写信，请求杨俭期火速南下增援。桓玄命令梁州刺史郭铨，辅国将军、前秦原太子苻宏率军西上，一举击败殷遹；随后，他亲自率领大军，驻扎在巴陵，就地食用荆州的粮食。殷仲堪再派杨俭期之弟杨广、侄儿殷道护等人率军抵御，桓玄分别在夏口击败杨广，在杨口击败殷道护之军，乘胜推进距离江陵仅二十里的零口，江陵城内一片恐慌。
接到殷仲堪的书信，杨俭期复信问道∶“江陵没有粮食，怎么抵御敌人?不如你放弃江陵，率军来到襄阳，我们共同防御襄阳。”殷仲堪的目的是让杨俭期来帮助自己守住荆州，而如今杨俭期却让自己弃守江陵，北上襄阳，这当然与殷仲堪的初衷大相径庭。为了能让杨俭期率军南下，他回信欺骗杨俭期说∶“我已经临时征集了粮食，如今已有了充足的储备。”
其实，此时的江陵已经断粮，殷仲堪只能拿出芝麻，煮成稀粥供应士兵们果腹。见到殷仲堪的书信，杨俭期信以为真，率领八千骑兵从襄阳南下。然而，等杨俭期抵达江陵近郊的时候，殷仲堪仅以稀饭犒劳这支远道而来的援军。见此情景，杨俭期不禁大怒，连见殷仲堪一面都不见，立即投入对桓玄前锋部队的进攻。
当时，桓玄在零口，杨俭期率领本部人马与哥哥杨广会师，直接渡过长江，进击桓玄大本营。桓玄惧怕杨俭期的精锐部队，不敢接战，他从零口退到长江南岸的马头（湖北公安西北）。第二天，杨俭期率领殷道护等将的一万精锐部队，登上战舰出战，桓玄的江州军队也将战舰摆在长江之上，两军又展开一场激烈的水战。杨俭期亲率麾下数十只战舰，直接朝长江对岸桓玄的旗舰杀来，却未能得手。身经百战却不习水战的杨俭期见一时无法取胜，便采取避实击虚之法，转而进击郭铨之军，大破郭铨。而恰在这时，桓玄的大军随后而至，将杨俭期的这支突击队击败，杨俭期只好退去，他所带来的八千精锐骑兵也全军覆没，杨俭期单人匹马向襄阳逃去。
马头之战的大胜，荆雍联军片甲不存。殷仲堪见此情形，只好弃城，北逃至挪城（湖北老河口）。
桓玄进入江陵之后，命令将军冯该率领部队追击杨俭期、殷仲堪二人。冯该在途中追上了杨俭期及其哥哥杨广，将二人就地斩杀。桓玄把两人的人头送到建康，高悬于朱雀门之上。杨俭期的弟弟杨思平、堂弟杨尚保、杨孜敬三人均逃到了深山老林之中，依附于山蛮。
殷仲堪听说杨侄期被杀之后，打算率领数百人北逃到后秦，但被冯该追上。冯该将其押解到江陵以北的柞溪，桓玄下令让其自杀，并将其侄儿殷道护诛杀。
殷仲堪死后，他的儿子殷简之将父亲的棺材带回建康安葬，一直住在坟墓边。后来，刘裕起义，殷简之参加义军，桓玄死后，殷简之割下桓玄尸体上的肉吃掉，以报杀父之仇。
桓玄抢占荆州，是隆安三年年底的事。此时，在三吴地区，刘牢之也刚刚将孙恩赶下海里。桓玄上书要求朝廷任命自己为江州、荆州两州刺史，朝廷下诏任命桓玄为都督荆州、司州、雍州、秦州、梁州、益州、宁州七州诸军事，后将军，荆州刺史，假节；以中护军桓修为征虏将军、江州刺史。司马元显当然不想让桓玄得到两州，桓修既是桓玄的堂兄，又是司马元显的姑父，将其作为朝廷与桓玄之间的中间人，桓玄也许能够接受。
司马元显显然低估了桓玄的野心。他决非仅仅想做一个荆州王，他还想控制朝廷，恢复其父昔日的荣光。因此，桓玄坚决要得到江州，司马元显无奈，只好收回成命，任命其为都督八州以及扬州、豫州八郡诸军事，兼任江州刺史；桓玄又擅自做主，任命哥哥桓伟为冠军将军、雍州刺史，朝廷再次妥协，只好同意。
隆安四年（公元400年），历史进入新世纪的第一个新年，也是桓玄最为得意的一年，在这一年的年初，他终于得到了其父生前发迹之地荆州。
