建文四年六月，燕王朱棣打进南京，侄子建文帝的失败已成定局。朱棣虽然取得了胜利，但是心中却顾虑重重，因为他无法确认建文帝到底是生是死，这也成了困扰朱棣终身的一件事情。
关于建文帝朱允炆的生死之谜，早已经成为一桩悬案，即使是明史学者专家也不能确切断定建文帝究竟下落何处 。
朱棣打进南京后，并没有直接攻入皇宫，而是在宫外静观其变，看看皇宫里建文帝会做何选择，但是出乎意料的是建文帝命太监放火焚烧了宫殿，等朱棣带着部下进入皇宫时，已经找不到建文帝了，只有两具烧焦的尸体。
由于尸体已经烧的面目全非，无法分辨，加上宫女太监均认定建文帝已烧死，借坡下驴的朱棣随即命人对外宣布建文帝已死，并按帝王规格厚葬建文帝。
明面上对外宣称建文帝已死，但是朱棣本人和他的亲信根本不相信烧死的就是建文帝，毕竟仅凭两具烧焦的尸体无法证明建文帝的生死，这也成了朱棣心中难以抹去的阴影。
为了寻找建文帝，朱棣派人在全国范围内秘密寻找，但是一无所获，朱棣终其一生也没有找到侄子建文帝。
建文帝的下落之谜，流传最广的就是逃亡贵州说、出家说和流亡海外说三种。
（一）逃亡大西南:在位于贵州省关岭布依族苗族自治县的山上，分布着几十个神奇的古文字，被称为“红崖天书”，据说当年建文帝逃难至此时，在崖壁上刻下了讨伐朱棣的檄文，号召天下势力支持他讨伐朱棣，但是又不能明说，所以采用了神秘的古文字发布檄文，希望既能号召天下，又不至于暴露身份。
但是此时的朱棣已经坐稳天下，朱允炆再无翻身机会，所以这篇讨伐朱棣的檄文也就成了后世口中深奥难懂的“红崖天书”。
（二）出家为僧:此种说法是根据《明史纪事本末》记载，说朱元璋临死之前给孙子建文帝留下了一个箱子，如果遇到大难时将其打开，就可以脱离险境，建文帝打开箱子后发现里面有提前规划好的出逃路线以及剃刀和袈裟，还有僧人使用的通关文牒，建文帝明白这是爷爷让自己打扮成僧人模样化妆出逃，保住性命以图东山再起。
但是这个记载根本就不靠谱，经不起推敲，朱元璋生前怎么会知道孙子建文帝有此一难?假设知道的话，又怎么可能没有提前做好准备?按照朱元璋的性格，定会临死之前替孙子除掉威胁，哪怕是自己的儿子也在所不惜。所以建文帝化妆成僧人从皇宫出逃避难，可信度不高。
（三）出逃海外:朱棣怀疑建文帝趁皇宫大火之际逃出皇宫，带着随从亲信远走他乡，逃亡到了海外，为了找到建文帝，朱棣指派郑和下西洋，在海外暗中寻找建文帝，最终也是一无所获。
个人观点认为，建文帝出逃海外的可能性较大，其一是南京水路发达，有利于乘船出逃，其二是明朝时期海上丝绸之路十分发达，与周边国家交流广泛，这些条件完全有利于建文帝出逃避难，所以，建文帝出逃海外的可能性还是比较大的，比起在国内躲藏要安全的多，毕竟此时的大明天下已经不属于他，而是有了新的主人——他的叔叔朱棣，选择出逃海外，或许是明智之举
