事实上，被赦免了的王世充最终也难逃一死，流放途中被人莫名其妙地刺杀了；而窦建德虽被押赴菜市场斩首，但由此造成的影响和风波却没有结束。
武德四年（621年），攻打洛阳王世充的李世民，突然面临王世充、窦建德两大枭雄势力前后夹攻的危险，处境十分艰难。对于李世民来说，只剩下两大抉择：一是撤出围困洛阳城的军队，并完全退出好不容易占领的洛阳周边城池，率军返回关中，等于前功尽弃，以后再找时机从头再来；
二是豁出性命搏一把，但早已疲惫不堪的唐军绝对不是王世充、窦建德十数万联军的对手，失败的可能性很大。
然而李世民天生就有把不可能变成可能的想法和能力，他采取“围郑击夏”的策略，先是在虎牢关之战中大败窦建德援救洛阳的十万大军，生擒了窦建德，接着又迫降了洛阳城的王世充，一举消灭了窦、王两大劲敌，赢得了唐朝统一天下的定鼎之战。
然而，被押赴长安的窦、王两位枭雄，李渊对他们的态度却是截然不同，下诏赦免了王世充，同时又决意处死了深得民心的窦建德，这是为何，里面有什么深意吗？
公元618年，在长安称帝的李渊通过一系列的战争，相继消灭了西秦薛举、凉州李轨及河东的刘武周各割据势力，在巩固了关中根据地后，决定进兵关东。
在李唐一统河东、关中及河西陇右，消除后顾之忧时，关东的形势也已发生了很大的变化，曾经是农民起义军盟主的瓦岗军李密，先是被洛阳的王世充击败，后又投降了李唐，因图谋东山再起却事败被杀。
此时，关东地区以拥有河北的夏王窦建德，和占据洛阳自称郑帝的王世充两人势力最大，与关中的李唐三足鼎立，南方就萧梁的萧铣有一定的实力，其他的像杜伏威、辅公祏及林士弘等江淮割据势力，不值一提。
武德三年（620年），秦王李世民奉命率领大军出潼关，进攻洛阳的王世充。七月，李世民统率各军驻扎于谷州，王世充则率三万精兵在慈涧扎阵，双方经过几次试探性的交战，互有胜负。在摸清对方底细后，李世民一方开始占据上风，不但俘虏了王世充的大将燕颀，并攻克了回洛城。
接着，唐军以迅雷不及掩耳之势扫清了洛阳城附近的所有城池、据点，大军进驻邙山。
到了九月，李世民率领500骑兵在观察战场地势时，与王世充率领的一万军队相遇，此战李世民以少胜多再次打败了王世充的军队，斩首3000级，还俘虏了王世充的大将陈智略，仅王世充一人逃脱。
面对持续胜利且强势的唐军，原先依附王世充的筠州总管杨庆派使者请求归降，李世民十分高兴欣然纳之，并派李世勣率军过去好生安抚杨庆的部众。没想到杨庆的归降带来了连锁反应，荥、汴、洧、豫等九州也纷纷向李世民归降，王世充顿感大事不妙，急忙向河北的窦建德求救。
武德四年（621年），李世民率精锐骑兵在北邙山扎阵，同时命大将屈突通率5000步兵渡水攻击王世充，在双方军队交战的时候，李世民亲自率领骑兵冲阵，且冲锋在前，与战场中的屈突通里外呼应。
此战从早晨一直打到下午，直杀得天昏地暗，王世充的军队不敌向后撤退，李世民则趁机指挥军队追击，王世充的两万军队被俘斩达八千人，将战线一直推到洛阳城下。
经过此次大败，王世充再也不敢出城作战，只敢环城自守，以等待窦建德的到来。
面对城池坚固，又有王世充重兵防守的洛阳城，李世民虽然多次攻打，奈何总是失败，洛阳城依然固若金汤。眼见伤亡越来越多，再加上攻城士兵已疲惫不堪，只好命令军队挖掘壕沟，环绕布置，打算长期围守，并从中想出破城的方法。
然后一个不利的消息传来，让李世民及其部属彻底失去镇定，是什么消息呢？
原来是夏王窦建德率兵十余万来救援王世充，且军队已到达酸枣（今河南新乡延津县），离洛阳已经不远，情势十分危急。
李世民经过多日围城攻打，士兵早已疲惫不堪，现在又要面对窦建德的十余万大军，帐下不论文臣还是武将都有了退却之意，认为以一敌二不可能取得胜利。
例如萧瑀、屈突通及封德彝，就表示目前的处境腹背受敌，恐不是万全之策，请求退师到谷州观看形势。
而秦王李世民在综合所有幕僚的意见后，只是稍加考虑，就下定决心说道：王世充粮食快要吃完了，且好不容易攻占了洛阳城附近所有的城池、据点，我们都不用攻打，只需要围城一段时间，洛阳城必破，现在放弃就等于前功尽弃，今后若再攻打不但愈加艰难，且又要死伤很多士兵。
窦建德的军队新近攻破孟海公，十万大军看似来势汹汹，但将士必然骄傲怠惰，骄兵则必败，我军可以分兵占据虎牢关，扼守山川要冲，以逸待劳。若窦建德军队与我军交战，凭着虎牢关的艰险攻破敌军是必然的，如果窦建德放弃救援，最多十日王世充就坚持不住自我崩溃了。现在问题的关键是虎牢关刚刚归附不久，力量薄弱，我们必须赶在窦建德之前到达虎牢关，以阻挡窦建德的大军。
最终，李世民命令屈突通留下辅助齐王李元吉继续围困洛阳，而自己则亲率全部即3500玄甲骑兵奔赴虎牢关。
经过连日昼夜不停地行军，李世民先窦建德大军一步到达虎牢关，不但接手了虎牢关的一切防务，且加强了守城力量。
窦建德十余万大军到达虎牢关后，筑营垒于板渚，因不知虎牢关内的详情，于是在关外与李世民对峙了二十多天。李世民见窦建德长期不与之交战，就放马在黄河北岸吃草来诱敌，窦建德果然上当，率全部兵马到来，陈列军队在汜水之上。
李世民先是任凭窦建德的军队叫阵，就是不搭理，等到窦建德的士兵又累又饿、声势衰竭，将退欲退阵列混乱时，马上发动进攻。李世民率领史大奈、程咬金及秦叔宝等大将挥动大旗冲入，直接突入到阵后，然后张挂起军旗。
窦建德的士兵回头看到唐军的旗帜，以为被包围，纷纷四散逃命，最终导致全军崩溃。李世民则趁机率领骑兵追击攻打三十里，斩首三千多人，俘虏敌军五万，并在阵中活捉了窦建德。
李世民见窦建德被活捉，刚一见面就责备他道：“我攻打王世充，干你什么事，为何要率大军来打我。”窦建德则不紧不慢地说道：“我现在不来，日后还得麻烦你跑老远去找我。”虽是大实话，但听来令人啼笑皆非，一代枭雄窦建德就这样落幕了。
李世民率军队回返洛阳城下，城头上的王世充看见被关在笼子里的窦建德，知道大势已去，在恐惧中带领两千多大小官吏开城门，并主动到唐军营请求归降。至此，关东地区全部平定，本来李唐的战略目标是击败洛阳的王世充，没想到顺带把河北最大的割据势力窦建德也给灭了。
窦建德和王世充虽然都被李世民俘虏，但他们都曾称王或称帝，对于他们的处置不是李世民可以擅自决定的，因此在处理好洛阳的全部接收工作后，就将窦建德和王世充押赴长安。
对于窦建德和王世充的处置问题，李唐朝廷有过一番争议，秦王李世民认为窦建德不当杀，因为窦建德在河北有很大的影响力，杀了他容易引起其以前的部下反抗，从而引发河北的动荡不安；而王世充是主动归降的，且李世民许诺过不杀他，如果失信于人，其他割据势力谁还敢投降李唐。
而太子李建成则认为，窦建德出身草莽，却带领农民起义反抗官府、朝廷，且擅自割据河北称王，杀他正可以震慑天下草莽的造反之心；对于王世充也赞成不杀，理由是他是前隋官员、贵族，再加上主动请求归降，所以死罪可免。
最终，唐高祖李渊下诏将王世充流放到蜀地，而窦建德则直接押往菜市场斩首，同时又强征窦建德的旧将范愿、董康买、曹湛、高雅贤及王小胡等人到长安。同样是造反的枭雄，李渊却区别对待，处置明显不同，这其中，自然有他的深层意义和考虑。
一是对朝局平衡的考量，偏向太子李建成以打压秦王李世民的势力。
李世民一战击败王世充、窦建德中原两股最大的割据势力，平定关东，奠定唐朝统一天下的胜局。李渊大喜过望，对这个引以为豪的儿子大加封赐和奖赏，他认为自古以来旧的官阶与特殊功劳不相称，于是另外发徽号，以表彰李世民的功勋德望。
先是在秦王的基础上加天策上将封号，位在王公之上，同时加三公之二的司徒，封陕东道大行台尚书令，增加食邑两万户，连上之前的一共三万户。天策上将府可以自设官署，自行任命官员，这就拥有了人事任免权，且不受朝廷吏部的干涉监督；而陕东道大行台尚书令，则是拥有了函谷关以东广大区域的治权；至于食邑三万户，代表着拥有足够的钱粮、财物来养兵、养幕僚。
再加上秦王府谋士如雨、猛将如云，除了没有太子之名，其势力、实力远在太子李建成之上，就算太子和齐王李元吉联合起来也不是秦王的对手。
为了朝局的稳定，李渊不得不扶持太子的势力而打压秦王李世民，以平衡他们两人的关系。
虽然知道窦建德在河北有名望、有人心，杀他可能引起河北动荡，但依然否定了李世民的建议，而是选择支持太子李建成的想法，且李建成的想法出发点也是好的，并没有错，出身贵族的李渊不可能对出身草莽的窦建德有好感。
至于强征窦建德的旧将，是不想给李世民收拢人才及人心的机会，因为李世民帐下的幕僚人才、将领，很多就来自被打败的对手，像尉迟敬德是收降的刘武周手下大将，而降将李勣、程咬金、秦琼则分别来自瓦岗军和王世充。
二是心里赞同太子李建成的想法，杀窦建德可以震慑天下草莽造反之心。
李渊出身世家贵族，远祖可追自十六国时期西凉的开国君主李暠，祖父是西魏八柱国之一的李虎，李渊自己从小就世袭唐国公爵位，西魏、北周、隋唐朝代的更替都只在贵族之间，是既得利益阶层。
而窦建德出身农民，起义反抗官府、朝廷，是对既得利益阶层的挑战，不但让李渊内心深处感到恐惧，同时又深痛恶绝，于是顺水推舟支持了太子李建成的想法，将窦建德押往菜市场斩首，明正典刑以震慑天下庶民百姓造反之心。
对于王世充，除了他主动请求归降，有立功表现，还因为他是李渊在前朝的官场同僚，也是官宦出身，因此李渊对他的态度明显要和缓很多，施以怀柔政策收买、团结前朝官吏之心，所以将其流放蜀地。
然而事情果然不出秦王李世民所料，窦建德被杀的消息一传到河北，其旧部刘黑闼等立马打着为窦建德复仇的名义聚众起兵，多次击败唐军，突厥趁机派兵相助，已经归降唐朝的徐圆朗等也举兵响应，一时间声势大振，已经平定的河北又动乱起来。
武德五年（622年），李世民在洺水之战中大破刘黑闼，使其逃奔突厥，此战虽赢得了战争，却仍然没有赢得河北的人心。果然，数月后刘黑闼卷土重来再次反叛，直到次年（623年）被李建成率领的军队所破，刘黑闼、徐圆朗相继被杀，河北才重新平定，至于河北人心则始终难以收服，其后安禄山的反叛、河北三镇，一直到唐朝的覆灭。
由此可见，当初窦建德被杀所造成的严重后果，杀一人而失河北人心，没想到唐高祖李渊一时的轻率决定，却为唐朝的衰败埋下了伏笔，同时也证明了李世民确实有先见之明。
窦建德草莽造反失败被杀，而准备流放蜀地的王世充最终也难逃一死，在长安附近被人莫名其妙的刺杀了，这是怎么回事？
按照旨意，王世充与其兄王世恽及老婆、孩子一起被流放蜀地，因押解人员还没有准备好，于是王世充一家暂时被关押在长安附近的雍州。
一天，突然来了几个官吏称李渊有旨，要王世充接旨，王世充急忙率领家人出门迎接，不料那几人二话不说立刻乱刀齐下，王世充就这样被杀了。
事后查明，那几人中带头的是唐朝定州刺史独孤修德，据说他的父亲独孤机原本是王世充的部下，在武德二年正月企图降唐，却被王世充所杀，因此独孤修德杀王世充是为父报仇。
不久，王世充先行一步的儿子王玄应和哥哥王世伟等人，也在流放途中因阴谋叛乱被处死。
据史书记载，独孤修德冒旨擅杀被李渊赦免了的王世充，而唐高祖李渊只是下诏免了独孤修德的官职，不久后又重新启用，官至同州刺史，封滕国公。再加上王世充的儿子王玄应和哥哥王世伟等人，在武器全无的情况下却阴谋叛乱，这些都不得不让人怀疑，其背后的主使者是李渊？而所谓的独孤修德报父仇事件，也只是为了不留后患而制造的假象？
然而，不论历史真相如何，王世充敢篡位称帝，在失败后，就应该有全族被诛杀的心理准备，就算侥幸躲过了一时，也逃不了一世，更不要高估帝王的仁恕之心及低估帝王权术。
