清军南下后郑成功和父亲郑芝龙做出了不同的选择，郑芝龙决定投靠清朝，而郑成功则扶保南明政权。当大陆上的基地被一一攻破后，他率兵南下攻克厦门，并将其改名为思明州，以志不忘明朝。无论前途有多艰难，他心里一直都希望北伐恢复故土，他也曾组织过对南京的攻击，可是却因一场海难而失败。
郑成功北伐舰队从舟山行经羊山，当地有个小庙祭祀羊山王，民间传说如果舟行至此而不祭，就会遇到灾难。郑成功对此不屑一顾：“焉有此理？天意有在，岳渎为之效灵。”
然而，一场海难降临了。舟师抵达羊山后，午后天空忽然暗淡无光，黑云笼罩上空，海面上刮起强风，波涛涌动。郑成功赶紧下令各提督镇将归队，将大小船只驶进山下港湾以避风暴，可是来不及了，一场罕见的暴风雨便不期而至，一时间天昏地暗，海面上风起浪涌，迅雷电闪。
郑成功北伐南京形势图
一时樯倾楫摧，到处都是桅杆被风暴冲击断裂的声响，有些船只甚至被巨浪所拍碎，除了风雨声、海浪的拍击声，船体被撕裂的巨响，还有就是士兵们呼救声、惨叫声，许多生命被巨浪所吞噬。
这次暴风雨使郑军船队损失极为惨重，大量船只沉入海中，死于这场灾难的人数大约有八千人到一万人。郑成功的座船六中军船被狂风巨浪所摧毁，所幸当时他并没有在这艘船上，但他的六位妃嫔、三个儿子（一个六岁，一个五岁，一个一岁），以及船上其他人员二百三十一人，全部在这次海难中淹死。死难者除了士兵之外，还包括几位高级将领，其中有左冲镇指挥官林灿、行营兵官史光明等。
这次意外的事件对郑成功的北征是一大挫折，由于兵船人员及武器装备损失严重，北进长江、克复金陵的战略计划不得不推迟。
