元明清三朝对西藏的治理，世俗政权管理即行政管理也各有不同。蒙古帝国由于幅员过于辽阔，统治阶层人数过少，大多采取只管理当地上层贵族，由当地上层管理百姓的方式。元朝建立者对西藏的治理也沿袭蒙古帝国的统治方式。我国历代汉族中央王朝对周边少数民族政权采取羁縻方式，明朝前中期治理西藏也是采取类似羁縻的土司形式，后期基本失去了对西藏的控制。清朝前期以封国的方式松散管理、中期以流官加宗教领袖共同管理、后期则流于形式，基本由西藏地方自己管理。
宣政院印
西藏在元王朝统治以前处于各封建部落和小王国的分割纷争状态。凉州会盟后，在蒙古铁骑的威逼下，西藏地区纳入帝国范畴，并很快统一在以萨迦派为首的藏传佛教旗下。元朝就牢牢抓住西藏上层僧俗贵族来治理，设立了总制院，由国师负责。1288年，总制院改称宣政院，扩大机构，于院使下设同知、副使、参议、佥院等各二人，具体管理西藏僧俗事务。
宣政院辖地
元朝不仅在中央设立机构，也首次对西藏地方进行行政划分，设立军政机构。1334年，在宣政院所辖吐蕃之地分设三道宣慰司：朵思麻宣慰司、朵甘思宣慰司、乌思藏宣慰司。宣慰司又下辖安抚司、招讨司、宣抚司和元帅府、万户府等。自宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任，由帝师或宣政院荐举，朝廷授职。此时，西藏制度已经一定程度内地化，包括对西藏进行了编户齐民，划分十三万户，到了元武宗时代，又由都总管府达鲁花赤总其财赋，征收赋税。元朝对西藏的管理为后来的明清提供了很好的范本。
乌思藏宣慰司
西藏十三万户划分
明朝对西藏地区的统治来自对元朝继承的法理。大明军队并没有直接打进西藏，而是攻占并驻扎在青海河湟谷地后派遣官员持诏谕前往西藏，着令各部归顺明朝。在西藏脱离元朝归附明朝后，明朝中央政府立即仿卫所制度，对原有僧俗官员进行赏赐、册封。对行政管理的上层，中央通过册封各地方政权首领，实现统一管辖；在行政管理的基层，主要通过推行都指挥使司和卫所制度，使西藏地方与明朝整个边疆行政管理体制相一致。
乌斯藏都司
明朝前中期对西藏的军政首领进行分封建制，干涉其人事和领地分配，并限制宗教首领对民事和政权的干涉。这又可以分成两段：洪武时期，朱元璋扶持帕木竹巴政权，以帕木政权为乌斯藏都指挥使司，以他下面的各宗头人为行都司、卫所，加封各级僧俗领主为都指挥使、指挥使、国师、禅师等。到了永乐时期，朱棣不再扶植帕木政权，而是积极扶植各派宗教领主，册封三法王、五王等，对藏因俗、因时、因地而治，抬高各派宗教领袖（特别是萨迦派领袖）、把帕木政权首领贬为五王之一。朱棣此举在很大程度上改变了西藏的政治格局，为明朝后期西藏脱离中央控制埋下了祸根。
阐化王印
土木堡之变后，明朝国力下降日趋明显。由于没有在西藏设置流官，不能对当地进行直接的行政管理，西藏各派势力加快了争夺权力和地盘步伐，出现贵族相互吞并倾轧，臣属架空首领，甚至操纵首领废立的情况，导致三法王、五王制解体，而中央政府只能以册封的方式追认胜利者，基本失去控制权。1434年，帕竹王朝发生内乱，第悉之位空缺三年。仁蚌巴家族趁机崛起，成为了后藏地区的世袭贵族。1480年，仁蚌巴家族发兵进攻帕竹，控制了第悉，从此帕竹王朝有名无实。1565年，辛厦巴家族取代了仁蚌巴家族。乌思藏都指挥使司在明朝中后期形同虚设，1618年彻底撤销。
藏巴汗时期
清朝对西藏的治理始于顺治时代，可以分为三个阶段：一是从顺治到康熙年间，以册封为主，依靠当地僧俗贵族间接管理；二是从雍正到道光年间，以驻藏大臣设置管理为标志，派流官结合本地贵族直接管理；三是咸丰以后，在英帝国主义的不断蚕食和侵略下，对西藏的控制力日渐衰微，以达赖为首的当地僧俗首领逐渐成为实际管理者。
清朝前期治理西藏的体制因时因势而变：早期册封汗王和宗教领袖，后废止汗王制，又废除达赖管家管政务的第巴制而设诸噶伦集体领导，继而在颇罗鼐父子时期实行首席噶伦带郡王爵位制。1652年，顺治以中央政府的名义册封五世达赖喇嘛，正式规定了格鲁派的各种制度、礼仪。又册封蒙古汗王为“遵行文义敏慧固始汗”。通过授印、封汗，承认蒙古固始汗与五世达赖联合治理西藏的事实。1717 年，准噶尔势力入藏。1720 年，清军驱逐准噶尔部。1721 年清政府改革西藏行政体制，采取噶伦制。噶伦由中央政府直接任命，联合掌权，并不再在西藏册封蒙古汗王。
随着噶伦制的推行，清政府逐渐认识到设置诸多噶伦易造成彼此间权力之争。雍正五年（1727年），清廷第一次向西藏派驻两位驻藏大臣，即内阁大学士僧格和副都统马喇。此后，清廷一直确保驻藏大臣府衙有两名驻藏大臣，并逐渐建立起完善的驻藏行政机构。1751 年，清中央政府颁行《西藏善后章程》十三条，对西藏的行政体制进行了系列改革：正式规定了达赖喇嘛的世俗权力，建立由三俗一僧共 4 名噶伦组成的噶厦（噶伦地位平等，互不统属），形成了驻藏大臣、达赖僧官系统、噶厦俗官系统三者制衡的状态，并不断提高驻藏大臣的权力，总揽西藏政务，使其具有监管宗教、涉外事权、赈济灾民、整肃吏治、整饬军备等方面的巨大权限。此后一百年时间，中央政府对西藏的行政统治达到了一个前所未有的高度。
西藏善后章程
到了清代后期，朝廷对西藏的统治基本上是有心无力。道光二十六年（1846），驻藏大臣琦善上书拟定的《裁禁商上积弊章程》，得到了道光帝的支持。这份奏折大大削弱了驻藏大臣对于西藏的治理权，甚至让清廷逐渐失去了对西藏的财权和兵权。光绪年间，侵占了南亚次大陆大片土地的英国将魔爪伸向西藏，挑起“土鼠年战争”和“木龙年战争”等，与清廷签订《中英藏印条约》，将西藏拖入失控的泥沼。
中英藏印条约
1903年英国再次入侵西藏，1906年清政府与英国签订《中英续订藏印条约》。这时以达赖为首的西藏地方僧俗首领渐渐有谋独的倾向。为避免西藏落入英帝国的手中，清政府开启了从外部派员入藏铁腕整顿。从张荫棠、联豫到赵尔丰，查办原驻藏大臣有泰及其他贪污媚外、鱼肉藏民、颟顸误国的汉、藏官员，武力镇压喇嘛和土司势力叛乱。一直到辛亥革命时，英印政府支持达赖与其亲信向西藏反扑，西藏出现骚乱，清政府外派专员及驻藏大臣均无力回天。
赵尔丰平叛
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